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Eine Besonderheit in der Thüringer Hochschullandschaft ist die Hochschule für Musik Franz Liszt Weimar mit ihren rund 800 Studierendenn. Ihr Angebot richtet sich an junge Musiker, Wissenschaftler und Musikvermittler aus aller Welt.  Die Hochschule fühlt sich dem Selbstverständnis von Franz Liszt verpflichtet, der in seinem Wirken die Facetten des Komponisten, Virtuosen, Ensemblespielers, Pädagogen und reflektierenden Denkers verband. Liszt war es auch, der bereits 1835 die Anregung zur Gründung einer solchen Schule gab. 1872 dann nahm die heutige Hochschule als erste Orchesterschule Deutschlands ihre Arbeit auf.

Vier weitere Hochschulen verteilen sich über den Freistaat. Sie setzen im Unterschied zu den Universitäten im besonderen Maße auf die Praxisnähe der Lehre. Die 1991 in Erfurt gegründete Fachhochschule Erfurt verfügt über Fakultäten für Angewandte Sozialwissenschaften, Architektur und Stadtplanung, Bauingenieurwesen und Konservierung/Restaurierung, Gebäudetechnik und Informatik, Landschaftsarchitektur, Gartenbau und Forst sowie Wirtschaft-Logistik-Verkehr. Die Hochschule Schmalkalden hat seit ihrer Gründung 1991 ein technisch-wirtschaftliches Profil ausgeprägt. Seit 1997 kann an der Hochschule Nordhausen studiert werden. Die Ernst-Abbe-Hochschule Jena ist ebenfalls eine Neugründung aus dem Jahr 1991. Ergänzt und vervollständigt wird das Angebot der Fachhochschulen im Freistaat durch die Duale Hochschule Gera-Eisenach. Seit 1998 konnten hier über 6500 Studierende ihr duales Studium in den Bereichen Ingenieurwissenschaft, Informatik, Betriebswirtschaft und Sozialpädagogik erfolgreich abschließen.