Das Bundesnaturschutzgesetz legt mit der Formulierung aus § 6 (1) „Der Bund und die Länder beobachten im Rahmen ihrer Zuständigkeiten Natur und Landschaft (allgemeiner Grundsatz).“ die Grundlagen für ein Monitoring. Das Gesetz besagt, dass diese Beobachtung insbesondere folgende Bestandteile der Biodiversität umfasst:

• Zustand von Landschaften, Biotopen und Arten zur Erfüllung völkerrechtlicher Verpflichtungen
• Erhaltungszustand der natürlichen Lebensraumtypen und Arten von gemeinschaftlichem Interesse, also den Schutzgütern der FFH-Richtlinie
• Erhaltungszustand der europäischen Vogelarten und ihrer Lebensräume also den Schutzgütern der Vogelschutz-Richtlinie
• Zustand von Biotoptypen und sonstiger biologischer Merkmale nach Anhang III Tabelle 1 der Meeresstrategie-Rahmenrichtlinie (MSRL) inklusive des Vorkommens und der Populationsdynamik zahlreicher mariner Tier- und Pflanzenarten
• Vorkommen invasiver Arten, die in der sogenannten Unionsliste geführt sind

Das Hauptziel der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie ist in ihrer Präambel formuliert: Die Erhaltung der biologischen Vielfalt ist zu fördern, wobei wirtschaftliche, soziale, kulturelle und regionale Anforderungen berücksichtigt werden sollen.

Gemäß Artikel 11 und 2 überwachen die Mitgliedstaaten den Erhaltungszustand natürlicher Lebensraumtypen sowie wildlebende Tier- und Pflanzenarten von gemeinschaftlichem Interesse, wobei sie die prioritären natürlichen Lebensraumtypen und die prioritären Arten besonders berücksichtigen. Die Arten und Lebensräume von gemeinschaftlichem Interesse, sowie prioritäre Arten und Lebensräume sind in den Anhängen der FFH-Richtlinie konkret benannt. Alle 6 Jahre übermitteln die Mitgliedstaaten einen Bericht an die EU über die im Rahmen dieser Richtlinie durchgeführten Maßnahmen (Art. 17 FFH-RL).

Die Richtlinie über die Erhaltung der wildlebenden Vogelarten (Richtlinie 79/409/EWG), kurz Vogelschutzrichtlinie, wurde am 2. April 1979 erlassen und im Jahr 2009 kodifiziert (Richtlinie 2009/147/EG). Sie zielt auf den langfristigen Schutz aller im Gebiet der EU-Staaten natürlicherweise vorkommenden Vogelarten einschließlich der Zugvogelarten sowie die Erhaltung ihrer Lebensräume ab. Die Richtlinie adressiert neben dem Schutz auch die Bewirtschaftung und Nutzung dieser Vögel. Artikel 12 der Richtlinie regelt die Berichtspflicht der Mitgliedstaaten. Der nationale Vogelschutzbericht wird, wie auch der nationale FFH-Bericht, alle 6 Jahre an die Europäische Kommission übermittelt.

Die Meeresstrategie-Rahmenrichtlinie (MSRL) dient dem Schutz und Erhalt der europäischen Meeresumwelt. Ziel ist es, saubere, gesunde und produktive Meere langfristig zu bewahren bzw. wiederherzustellen. Eine Verschlechterung des Zustandes ist zu verhindern.

In Artikel 11 „Überwachungsprogramme“ ist vorgesehen, dass die Mitgliedstaaten Überwachungsprogramme für die laufende Bewertung des Umweltzustands ihrer Meeresgewässer erstellen und durchführen. Dabei sollen auch biologische Merkmale, wie beispielsweise das Vorkommen und die Populationsdynamik zahlreicher mariner Tier- und Pflanzenarten, berücksichtigt werden.

Anders als andere europäische Richtlinien sieht die MSRL keine regelmäßigen Berichte der Mitgliedstaaten an die EU vor. Stattdessen gewähren die Mitgliedstaaten der EU-Kommission Zugangs- und Nutzungsrechte für Daten und Informationen, die aus den Anfangsbewertungen gemäß Artikel 8 sowie den Überwachungsprogrammen gemäß Artikel 11 gewonnen wurden (Artikel 19). Die Kommission veröffentlicht alle 6 Jahre Berichte. Diese enthalten auch einen Überblick über den Zustand der Meeresumwelt in der Gemeinschaft. Der Überblick über den Zustand der Meeresumwelt wird in Abstimmung mit der Europäischen Umweltagentur und den einschlägigen regionalen Meeres- und Fischereiorganisationen sowie deren Übereinkommen erstellt (Artikel 20).

Die europäische Wasserrahmen-Richtlinie (WRRL) schafft einen Ordnungsrahmen für den Schutz der Binnenoberflächengewässer, der Übergangsgewässer, der Küstengewässer und des Grundwassers. Sie fordert ein kohärentes Konzept für die Flussgebietseinheiten und macht damit eine über die Bundesland- und Staatsgrenzen hinausgehende Koordination der Wasserwirtschaftsverwaltung erforderlich.

Artikel 8 „Überwachung des Zustands des Oberflächengewässers, des Zustands des Grundwassers und der Schutzgebiete“ sieht in Kombination mit Anhang V WRRL folgende Regelungen vor:

• Mitgliedstaaten werden aufgefordert, Programme zur Überwachung des Zustands der Gewässer aufzustellen
• Bei Oberflächengewässern sollen dabei unter anderem der ökologische und chemische Zustand sowie das ökologische Potenzial erfasst werden
• Erfassung verschiedener abiotischer Parameter von Flüssen
• Erfassung der Zusammensetzung und Abundanz der Gewässerflora, der benthischen wirbellosen Fauna sowie die Zusammensetzung, Abundanz und Altersstruktur der Fischfauna
• Erfassung der Zusammensetzung und Abundanz des Phytoplanktons, der sonstigen Gewässerflora, der Fischfauna (inklusive Altersstruktur) sowie der Biomasse des Phytoplanktons von Seen

Artikel 15 sieht vor, dass die Mitgliedstaaten Berichte zu den Überwachungsprogrammen erstellen.

Die Verordnung über die Prävention und das Management der Einbringung und Ausbreitung invasiver gebietsfremder Arten dient der Prävention, Minimierung und Abschwächung nachteiliger Auswirkungen durch Einbringungen und Ausbreitung invasiver, gebietsfremder Arten auf die Biodiversität in der Europäischen Union.

Artikel 14 „Überwachungssystem“ sieht folgende Regelungen vor:

• Die Mitgliedstaaten betreiben ein System zur Überwachung von invasiven gebietsfremden Arten von unionsweiter Bedeutung
• Dieses Überwachungssystem soll das Vorhandensein und die Verteilung sowohl neuer als auch bereits etablierter invasiver, gebietsfremder Arten von unionsweiter Bedeutung ermitteln
• Es soll ausreichend dynamisch sein, um das Auftreten von invasiven Arten, deren Vorhandensein bislang nicht bekannt war, rasch festzustellen
• Es soll auf bestehende Monitoringsysteme aufbauen

Das Übereinkommen ist erst 1993 in Kraft getreten.

Artikel 7 „Identification and Monitoring“ besagt, dass die Vertragsparteien Bestandteile der biologischen Vielfalt identifizieren, die für die Erhaltung und nachhaltige Nutzung der Biodiversität wichtig sind. Hierbei sollen insbesondere berücksichtigt werden:

• Ökosysteme und Lebensräume, die eine hohe Vielfalt, eine große Anzahl endemischer oder bedrohter Arten oder Wildnis enthalten; die von wandernden Arten benötigt werden; die von sozialer, wirtschaftlicher, kultureller oder wissenschaftlicher Bedeutung sind; oder die repräsentativ, einzigartig oder mit wichtigen biologischen Prozessen verbunden sind
• Arten und Lebensgemeinschaften, die bedroht sind; wilde Verwandte domestizierter oder kultivierter Arten sind; von medizinischem, landwirtschaftlichem oder sonstigem wirtschaftlichem Wert sind; oder von sozialer, wissenschaftlicher oder kultureller Bedeutung sind; oder die für die Forschung zur Erhaltung und nachhaltigen Nutzung der biologischen Vielfalt von Bedeutung sind, wie zum Beispiel Indikatorarten
• Beschriebene Genome und Gene von sozialer, wissenschaftlicher oder wirtschaftlicher Bedeutung

Die identifizierten Bestandteile der biologischen Vielfalt sollen überwacht werden. Dabei sollen die Bestandteile besonders berücksichtigt werden, die dringender Schutzmaßnahmen bedürfen und die das größte Potenzial für eine nachhaltige Nutzung bieten.

Weiterhin sollen Auswirkungen von Prozessen und Tätigkeiten, die erhebliche nachteilige Auswirkungen auf die Erhaltung und nachhaltige Nutzung der biologischen Vielfalt haben oder wahrscheinlich haben werden, überwacht werden.