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DiazCerecetto/operon-docker

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Operon - docker

Instalación

1. Mediante instalación local

Para instalar localmente, se debe descargar la imagen partiendo de una instalación de miniconda3 y posteriormente instalando el software necesario

    docker pull continuumio/miniconda3 
    docker run -v C:\Users\admin\Desktop\clone\operon-docker:/home/app -it continuumio/miniconda3 /bin/bash

Cambiar "ruta_al_directorio_local" por el path directorio local, la siguiente línea debería imprimir el directorio local (powershell)

    echo $(pwd)
    docker run -v <ruta_al_directorio_local>:/home/app -it continuumio/miniconda3 /bin/bash

Luego, instalar las librerías necesarias

    cd /home/app
    bash createdocker.sh
    conda activate operon

Instalar operon y pyoperon junto con sus dependencias y los cambios de este repositorio

    bash install.sh

Instalar librerías adicionales

    pip install matplotlib
    pip install jmetalpy

1.1 Ejecutar

Si ya se tiene creado el contenedor con los pasos previos, inicializar el contenedor y ejecutar el siguiente comando:

    docker exec -it <id_del_contenedor> /bin/bash
    cd /home/app
    conda activate operon

1. Imágen de Docker Hub

También es posible descargar la imágen desde Docker Hub, mediante el siguiente comando

    docker pull diazcerecetto/operon-docker

Se debe crear un contenedor y utilizar el comando de la sección 1.1

Réplica del experimento

Se pueden ejecutar ambas fases desde el archivo principal

    python code/main.py

Cada ejecución del experimento creará una carpeta nueva con nombre único que contendrá los archivos con las predicciones y su evaluación.

Bibliografía

El archivo install.sh fue extraído de: https://github.com/cavalab/srbench

Código de pyoperon disponible en: https://github.com/heal-research/pyoperon

About

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