Para instalar localmente, se debe descargar la imagen partiendo de una instalación de miniconda3 y posteriormente instalando el software necesario
docker pull continuumio/miniconda3
docker run -v C:\Users\admin\Desktop\clone\operon-docker:/home/app -it continuumio/miniconda3 /bin/bash
Cambiar "ruta_al_directorio_local" por el path directorio local, la siguiente línea debería imprimir el directorio local (powershell)
echo $(pwd)
docker run -v <ruta_al_directorio_local>:/home/app -it continuumio/miniconda3 /bin/bash
Luego, instalar las librerías necesarias
cd /home/app
bash createdocker.sh
conda activate operon
Instalar operon y pyoperon junto con sus dependencias y los cambios de este repositorio
bash install.sh
Instalar librerías adicionales
pip install matplotlib
pip install jmetalpy
Si ya se tiene creado el contenedor con los pasos previos, inicializar el contenedor y ejecutar el siguiente comando:
docker exec -it <id_del_contenedor> /bin/bash
cd /home/app
conda activate operon
También es posible descargar la imágen desde Docker Hub, mediante el siguiente comando
docker pull diazcerecetto/operon-docker
Se debe crear un contenedor y utilizar el comando de la sección 1.1
Se pueden ejecutar ambas fases desde el archivo principal
python code/main.py
Cada ejecución del experimento creará una carpeta nueva con nombre único que contendrá los archivos con las predicciones y su evaluación.
El archivo install.sh fue extraído de: https://github.com/cavalab/srbench
Código de pyoperon disponible en: https://github.com/heal-research/pyoperon