Hola Iván,
Perdona que pregunte pero, ¿no habría una persona encargada de colocar el documento a escanear en el escáner? ¿Qué sentido tendría enviar la orden desde una web, si hay una persona física que le puede dar al botón de escaneo (y más adelante enviarlo por email, por ejemplo)? Creo que hay algo que no he debido entender de la descripción del proyecto.
Otra cosa también: creo que un applet no tiene la capacidad de conocer la ruta en la que se guarda un archivo por motivos de seguridad. Como mucho, se podría almacenar la ruta del documento en el servidor.
También, se debería conocer la marca y modelo del escáner que se quiere controlar.
Un saludo.