Su proyecto me interesa, quizá pueda ayudarle.
Las modificaciones solicitadas para el folio, cliente e impuesto probablemente se pueden resolver de modo simple insertando instrucciones adicionales en la lógica de la función que emite los tickets. Estoy asumiendo que la base de datos tiene algún campo en el cual recibir el dato del impuesto calculado.
Respecto al reporte 606, encuentro extraño el requerimiento pues se aplica a compras, y los otros puntos se refieren a las ventas ¿no será el 607? Aunque desde luego, el 606 es posible si el cliente es fijo. De cualquier modo, revisé el procedimiento publicado y encontré que el archivo que se presenta está en formato de texto simple, con los campos delimitados por el caracter "pipe". Generar este tipo de archivo no es complicado, pero la lógica debería inscribirse en un módulo administrativo o de control, no en la emisión de ventas. Para generar el archivo se requieren una clave fiscal y el señalamiento del periodo, ambos datos se pueden colocar en el código fijo del sistema para simplificar la implementación.
Mi propuesta considera que su sistema actual está escrito en PHP y/o Python, y cuenta con una base de datos SQL. Los entregables serían a) un documento explicativo del proyecto, b) los archivos de script adicionales o modificados, y en su caso, c) los archivos de actualización u objetos de la base de datos. Envíeme mensaje si tiene algún comentario.