Bewilligte Banken und Wertpapierhäuser unterstehen der Aufsicht durch die FINMA. Ziel der Überwachung ist es, Gläubigerinnen und Gläubiger zu schützen (Individualschutz), sowie die Stabilität des Finanzsystems zu gewährleisten (Funktionsschutz). Im Zentrum der Überwachung steht deshalb die dauernde Einhaltung der Bewilligungsvoraussetzungen sowie weiterer gesetzlicher und reglementarischer Vorschriften.
Den regulatorischen Rahmen der Überwachung bilden insbesondere das Finanzmarktaufsichtsgesetz (FINMAG), das Bankengesetz (BankG), das Finanzinstitutsgesetz (FINIG) sowie dazugehörige Ausführungsbestimmungen. Weitere Einzelheiten sind in den FINMA-Rundschreiben geregelt. Hinzu kommt die Selbstregulierung innerhalb der Branche, beispielsweise in Form von Richtlinien der Schweizerischen Bankiervereinigung (SBVg).
Angesichts der beschränkten personellen Ressourcen verfolgt die FINMA einen risikoorientierten Aufsichtsansatz. Sie setzt ihre Kräfte prioritär für die Überwachung von Instituten ein, die aufgrund ihres Risikoprofils erhöhte Aufmerksamkeit verlangen. Hierzu teilt sie sämtliche bewilligten Banken und Wertpapierhäuser in Aufsichtskategorien ein. Zusätzlich durchläuft jedes Institut einen dynamischen Ratingprozess. Aufsichtskategorie und Rating bestimmen in der Folge die unterschiedlich ausgeprägte Überwachungsintensität.
Der FINMA stehen für ihre Überwachungstätigkeit verschiedene Aufsichtsinstrumente zur Verfügung, die sie teilweise selber und vor Ort einsetzt. Daneben stützt sie sich auf die Arbeiten von Prüfgesellschaften, die von der Revisionsaufsichtsbehörde zugelassen sind. Diese führen im Auftrag der Beaufsichtigten und nach Vorgaben der FINMA regelmässig aufsichtsrechtliche Prüfungen bei den Instituten durch und nehmen somit einen Teil der unmittelbaren Überwachung wahr.
Institute, die zusammen mit anderen im Finanzbereich tätigen Unternehmen eine wirtschaftliche Einheit bilden, werden zusätzlich auf konsolidierter Basis überwacht. Diese konsolidierte Aufsicht betrachtet die Risiken der gesamten Finanzgruppe, um mögliche Auswirkungen auf ein bewilligtes Institut erkennen und geeignete Massnahmen anordnen zu können.
Bei Mängeln und Verstössen gegen die Vorschriften durch die Beaufsichtigten ordnet die FINMA zur Durchsetzung des Aufsichtsrechts geeignete Massnahmen an.