Die FINMA organisiert sich nach den Grundsätzen wirtschaftlicher Betriebsführung und führt eine eigene Rechnung. Ziel ist es, die Mittel sorgfältig einzusetzen, Kosten und Nutzen in einem angemessenen Verhältnis zu halten sowie mit den finanziellen Ressourcen die grösstmögliche Wirkung zu erzielen.
Die Kosten der FINMA werden mit Gebühren und Abgaben der Beaufsichtigten gedeckt. Damit kann die FINMA bei ausgewiesenem Bedarf ihr Kostenniveau anpassen.
Die Beaufsichtigten haben Gebühren- und Aufsichtsabgaben zu entrichten. Die Gebühren werden verursachergerecht bei jedem Beaufsichtigten einzeln erhoben. Sie stützen sich vor allem auf Verfügungen und Aufsichtsverfahren und decken die Kosten für die Aufwände der FINMA. Die Gebührenerträge im Jahr 2023 haben einen Anteil von 13.6 Prozent am Bruttoertrag der FINMA (156 Millionen Schweizer Franken).
Demgegenüber werden die Aufsichtsabgaben den Beaufsichtigten nicht individuell, sondern als Gruppe zugerechnet. Der jeweils verursachte Aufsichtsaufwand wird möglichst verursachergerecht und angemessen auf die verschiedenen Aufsichtsbereiche aufgeteilt. Mit den Aufsichtsabgaben deckt die FINMA zwischen 80 und 90 Prozent des Gesamtaufwands, inklusive der gesetzlichen Zuweisung an die Reserven.
Art. 15 FINMAG definiert die Kriterien für die Erhebung der Aufsichtsabgabe. So sind bei Banken und Wertpapierhäusern Bilanzsumme und Effektenumsatz massgebend, bei Versicherungen ihr Anteil an den gesamten Prämieneinnahmen aller Versicherungsunternehmen oder für Beaufsichtigte nach Kollektivanlagengesetz die Höhe des verwalteten Vermögens, der Bruttoertrag und die Betriebsgrösse. Die Gebührenverordnung der FINMA regelt die Kriterien für die Erhebung der Aufsichtsaufgabe.
60 Prozent der internen Ressourcen fliessen in die Kernprozesse der FINMA «Bewilligung», «Überwachung», «Durchsetzung» und «Regulierung». Für Support- und Managementprozesse werden 40 Prozent beansprucht.
Der Hauptteil der Ressourcenaufwände in den Kernprozessen fliesst in die Überwachung.
Der überwiegende Anteil (81 Prozent) des Gesamtaufwands fällt für Personalaufwendungen an, 9 Prozent verursachen die Informatikkosten und 10 Prozent der übrige Betriebsaufwand inklusive der Abschreibungen auf dem Anlagevermögen.