Die Förderung erfolgt anteilig, wobei der Bund in der Regel 75 % der Gesamtkosten trägt. Die restlichen 25 % teilen sich das jeweils beteiligte Land und der Zuwendungsempfänger. Träger der Projekte sind meist Landkreise, Städte, Gemeinden, Naturschutzorganisationen oder Zweckverbände.

Naturschutzgroßprojekte gliedern sich in ein Planungsprojekt (Projekt I) mit einer in der Regel 3-jährigen Laufzeit und einem Umsetzungsprojekt (Projekt II), das maximal 10 Jahre gefördert werden kann.

Projektideen können in Form von Projektskizzen und -anträgen jederzeit beim BfN per E-Mail eingereicht werden. Aufbau und Inhalt der Skizzen und Anträge müssen sich nach dem Leitfaden zu den Förderrichtlinien richten. Das zuständige Landesministerium ist dabei zu beteiligen. Das BfN berät die Antragsteller fachlich und haushälterisch. Die Erarbeitung von Projektskizzen und -anträgen kann nicht vom Bund gefördert werden.