Wirkungsprognosen sind ein Kernstück jeder rationalen Zukunftsentscheidung. Jeder, der eine Abwägung zugunsten oder zulasten unterschiedlicher Schutz- und Entwicklungsinteressen durchführt, braucht ausreichend klare und zutreffende Vorstellungen über die Folgen seiner Entscheidungen. Damit sind Wirkungsprognosen auch die zentrale Methode, die im Rahmen der naturschutzrechtlichen Eingriffsregelung Anwendung findet. Angemessene Vorkehrungen zur Vermeidung sowie Maßnahmen zur Kompensation von Eingriffen über Ausgleichs- oder Ersatzmaßnahmen, über Maßnahmen zur Kohärenzsicherung und artenschutzrechtlichen Ausgleichsmaßnahmen (vorgezogene Ausgleichsmaßnahmen sowie Maßnahmen zur Sicherung des Erhaltungszustandes) lassen sich nur aus der Bilanz zu erwartender Be- und Entlastungen entwickeln. Mit einer fachlich soliden Wirkungsprognose kann die vom Gesetzgeber geforderte Genauigkeit zur Vorhersage von Auswirkungen durch ein Vorhaben erreicht werden.

Durch ihre zentrale Stellung beeinflussen Wirkungsprognosen maßgeblich den Arbeitsablauf der verschiedenen Verfahren. So können die Ergebnisse von Wirkungsprognosen zum einen Rückwirkungen auf die notwendige Abgrenzung des Untersuchungsraumes und auf die zu untersuchenden Schutzgüter haben. Untersuchungstiefe, Anzahl und Art der zu untersuchenden Schutzkomponenten werden durch die Wirkungsprognose in ihrer fachlichen Rechtmäßigkeit bestätigt. Zum anderen liefert die Wirkungsprognose nicht nur die materielle Grundlage für die Bestimmung der Erheblichkeit und die Schwere (das Ausmaß) der Beeinträchtigungen und damit auch für die Bemessung von entsprechenden Kompensationsmaßnahmen, sondern auch für die Ableitung von Vorkehrungen zur Vermeidung von Beeinträchtigungen. 

Die Ergebnisse der Wirkungsprognose bilden die Grundlage für Entscheidungen, ob und wie

• vermeidbare Beeinträchtigungen zu unterlassen,
• unvermeidbare Beeinträchtigungen kompensiert
• und wann Ersatzgelder gezahlt werden müssen.

Eine Wirkungsprognose umfasst die folgenden Arbeitsschritte

• Ermittlung der Wirkfaktoren des Vorhabens (Vorhabensbeschreibung, Wirkfaktorenanalyse),
• Ermittlung der Akzeptoren (Bestandserfassung),
• Sachgerechte Verknüpfung von Wirkfaktoren und Akzeptoren,
• Prognose der Veränderungen.

Die erforderliche Tiefe der einzelnen Bearbeitungsschritte ist von den Ergebnissen der jeweils anderen abhängig. Wenn z.B. bei der Bestandserfassung die Anwesenheit besonders empfindlicher Akzeptoren festgestellt wird, sind u.U. genauere Angaben zur Intensität der Wirkfaktoren erforderlich, um potentenziell entscheidungserhebliche Veränderungen prognostizieren zu können. Auf der anderen Seite bedingen Art und Intensität der Wirkfaktoren die Auswahl bestimmter Akzeptoren bzw. Indikatoren für die Bestandserfassung. Vorinformationen können ggf. aus vorhandenen Plänen oder je nach Planungsebene aus anderen Prüfinstrumenten entnommen werden. Oft ist es aber nicht möglich, bereits zu Beginn des Planungsprozesses die jeweiligen Anforderungen abschließend festzulegen. Diese können erst mit Fortschritt des Kenntnisstandes über die Situation des jeweiligen Untersuchsgebietes und die Wirkungen des Vorhabens konkretisiert werden. Daher ist eine interaktive Rückkopplung zwischen Wirkungsprognose, Bestandserfassung und Vorhabensbeschreibung erforderlich.

Grundlage für die Wirkungsprognose ist die Vorhabensbeschreibung, aus der die relevanten bau-, anlage- und betriebsbedingten Wirkfaktoren abgeleitet werden können. Wirkfaktoren wie z.B. Größe und Ausführung von Bauwerken (Trasse, Brücken, Nebengebäude) ergeben sich direkt aus der Vorhabensbeschreibung.