Für die AWZ ist das Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie (BSH) die zuständige Genehmigungs- bzw. Planfeststellungsbehörde. Das BfN, als die für diesen Meeresbereich zuständige Naturschutzbehörde, nimmt im Rahmen der Zulassungsverfahren für Offshore-Windparks in der AWZ Stellung zu den naturschutzfachlichen und -rechtlichen Anforderungen. Innerhalb der Küstengewässer, liegt die Zuständigkeit für die Zulassung von Anlagen bei den jeweiligen Landesbehörden.

Das Ausbauziel für 2020 von 6,5 GW wurde erreicht: mit Stand vom September 2020 sind in den deutschen Meeresbereichen von Nord- und Ostsee (Küstenmeer und AWZ) 27 Offshore-Windparks mit 1501 Turbinen und rund 7,4 GW installierter Leistung am Netz.

Die weiteren Ziele der Bundesregierung, so wie sie im WindSeeG (2023) festgesetzt sind, besagen, dass die installierte Leistung von Windenergieanlagen auf See, die an das Netz angeschlossen werden, zu steigern ist. Die Steigerung soll in drei Schritten erfolgen. Insgesamt müssen mindestens 30 Gigawatt bis zum Jahr 2030, mindestens 40 Gigawatt bis zum Jahr 2035 und mindestens 70 Gigawatt bis zum Jahr 2045 zur Verfügung stehen. Das BfN setzt sich dafür ein, dass die Belange des Naturschutzes im Sinne des gesetzlichen Rahmens vollumfänglich Eingang in die Planungs- und Zulassungsverfahren finden.

Um den durch die Offshore-Windparks der Nord- und Ostsee erzeugten Strom an Land bringen zu können, müssen diese mit Seekabeln an das landseitige Stromnetz angeschlossen werden. Im Rahmen der Genehmigungsverfahren für die Netzanbindung, die eigenständige Verfahren darstellen, ist das BfN ebenso für die Durchsetzung der naturschutzfachlichen und -rechtlichen Anforderungen zuständig.  

Durch den Bau und Betrieb von OWP sind über die unmittelbare Flächenbeanspruchung hinaus, die ggf. auch gesetzlich geschützte Biotope betrifft, weitere Auswirkungen zu beachten, die das marine Ökosystem z. T. erheblich beeinträchtigen können. Neben dem Verlust von Rast- und Nahrungshabitaten bestimmter Seevögel, der Kollisionsgefahr mit und Barrierewirkungen von Anlagen für den Vogelzug sind weitreichende Störungen mariner Säugetiere (bspw. des Schweinswals) durch Hydroschallemissionen, die bei der Installation der Gründungsstrukturen entstehen, möglich.

Ziel des BfN ist es, den Ausbau der Offshore-Windkraftnutzung möglichst naturverträglich zu gestalten. Um erhebliche Beeinträchtigungen der marinen Arten und Lebensräume sowie des Vogelzugs zu vermeiden, sind nach Ansicht des BfN zur Nutzung der Offshore-Windenergie geeignete Vermeidungs- und Verminderungsmaßnahmen beim Bau von Offshore-Windparks durchzuführen. Hierzu zählen unter anderem:

• Wahl geeigneter Standorte für die Windenergieanlagen,
• Wahl möglichst geräuscharmer Gründungsvarianten (z. B. Schwergewichts- oder Bucketfundamente) oder Einsatz schallminimierender Maßnahmen bei der Rammung von Fundamenten (z. B. Blasenschleier), um die Lärmbelastung und dadurch auftretende Gehörschädigungen von marinen Säugetieren und Fischen zu vermeiden, 
• in besonders wichtigen Fortpflanzungsgebieten für Schweinswale Durchführung lärmintensiver Bauarbeiten außerhalb der sensiblen Paarungs- und Kalbungszeiten,
• Festsetzung geeigneter Minderungs- oder Vermeidungsmaßnahmen, um bspw. Seevögel vor Kollisionen mit den Rotoren und den Anlagenmasten zu schützen (z. B. Wahl einer Anlagenbeleuchtung mit möglichst geringen Anlockeffekten bzw. Abschaltung der Anlagen bei besonders intensiven Vogelzugaufkommen)

Stern- und Prachttaucher (Positionspapier zur Bewertung des Seetaucherhabitatverlustes, 2009) zeigen nach derzeitigem Kenntnisstand aufgrund der von den Anlagen ausgehenden Scheuchwirkung ein starkes Meidungsverhalten gegenüber Offshore-Windparks. Eine störungsbedingte Vertreibung stellt einen direkten Verlust von Nahrungs- und Rasthabitaten dar. Daher wurde auf der Basis der aktuellen Erkenntnisse zu Seetaucherdichten ein sogenanntes „Hauptkonzentrationsgebiet von Seetauchern“ in der dt. AWZ der Nordsee identifiziert. Damit liegt ein qualitatives Kriterium bei der Bewertung der kumulativen Auswirkungen hinsichtlich des Habitatverlusts für Seetaucher vor.

Die Methodik zur Bewertung der Erheblichkeit von Beeinträchtigungen gesetzlich geschützter Biotope in der AWZ lehnt sich eng an die inzwischen verwaltungsgerichtlich anerkannten BfN-Fachkonventionen von Lambrecht & Trautner (2007) zur FFH-Verträglichkeitsprüfung an. Da es, anders als bei der für FFH-Gebieten entwickelten Fachkonvention, für den Biotopschutz gem. § 30 BNatSchG keinen „Schutzgebietsbestand“ gibt, ist das jeweils abgrenzbare betroffene Biotop (Vorkommen) der Bezugsgegenstand für die Bewertung. Eine Beeinträchtigung kann im Einzelfall als nicht erheblich eingestuft werden, wenn Kriterien zu verschiedenen qualitativ-funktionalen, quantitativ absoluten und relativen sowie kumulativen Aspekten erfüllt sind und alle Wirkfaktoren berücksichtigt werden.

Weitergehende Hinweise zur Definition und Abgrenzung der Biotope können auch den BfN-Kartieranleitungen und Hinweisen für § 30-Biotope in der deutschen AWZ (sowie dem Interpretation Manual der Eu-Komission (2007)) entnommen werden

Schallschutzkonzept für die deutsche Nordsee und Anwendungshinweise
Rammungen von Fundamenten ohne aktiven Schallschutz sind unzulässig. Die Einhaltung der vom UBA empfohlenen und durch BSH verbindlich etablierten Lärmschutzwerte (160 dB (SEL5) und 190 dB (SPL) in 750 m Entfernung zur Schallquelle) ist jahreszeitenunabhängig zu gewährleisten, um zu verhindern, dass es zu einer Tötung oder Verletzung von marinen Säugetieren wie dem Schweinswal als einzige in deutschen Gewässern vorkommende Walart kommt. Des Weiteren enthält das Schallschutzkonzept Maßgaben für die Bewertung schallintensiver Rammarbeiten in bestimmten Bereichen zu besonders sensiblen Zeiten.