Grundsätzlich sind mit Wasserkraftanlagen (WKA)  folgende bau-, anlagen- und betriebsbedingten Auswirkungen auf die Belange von Natur und Landschaft verbunden (nicht abschließende Nennung):

• Aufstau des Gewässers
• Veränderung der Gewässerdynamik
• Veränderung der Gewässergestalt
• Veränderung der Gewässer-Auenverbindung
• Behinderung der Durchgängigkeit des Gewässers für Lebewesen (z. B. Fische, Makrozoobenthos) und Geschiebe/Geschwemmsel
• Tötung von Fischen bei der Turbinenpassage
• Beeinträchtigung der Mindestwassermenge im natürlichen Flusslauf (Ausleitungsstrecke) bei Ausleitungskraftwerken
• Veränderung und Beeinträchtigung der Grundwasserkörper durch den Gewässeraufstau

Insbesondere naturnahe Gewässer-Auen-Ökosysteme gelten als hot spots der Biologischen Vielfalt. Angesichts der Ziele zum Erhalt der Biologischen Vielfalt, gerade im Bereich naturnaher und natürlicher Fließgewässer, sollten diese Bereiche von entsprechenden anthropogenen Beeinträchtigungen ausgenommen werden. Vor allem bisher ungenutzte und weitestgehend natürliche und frei fließende Gewässerbereiche sind vom Bau zusätzlicher Kraftwerke auszuschließen.

Zum Schutz von Fischen vor dem Eindringen in die Turbinen dienen entsprechende Rechensysteme. Je nach Rechenstabweite und Ausrichtung der Rechenstäbe (vertikal oder horizontal) entfalten die Rechensysteme eine Schutzwirkung auf die verschiedenen Fischarten und deren Altersklassen. Eine höhere Schutzwirkung entfalten Kombinationen von Rechen-Bypass-Systemen; gleichzeitig unterstützen diese Systeme abwanderwillige diadrome (Langdistanz wandernde) und potamodrome (vorwiegend Kurzdistanz wandernde) Arten, ihren Weg an der Wasserkraftanlage vorbei ins Unterwasser fortsetzen zu können.

Für aufwanderwillige Arten bieten Fischaufstiegsanlagen (FAA) in künstlicher oder naturnaher Ausgestaltung die Möglichkeit den Fischen einen sicheren Aufstieg aus dem Unterwasser in das Oberwasser der WKA zu gewährleisten. Zur Bewertung der Fischmortalität an Wasserkraftanlagen wurde seitens des BfN ein Leitfaden erarbeitet.

Genauere Regeln hierzu sind in der DWA-Publikation 509.Für die Bewertung der Wirksamkeit von Fischschutz- und Fischabstiegseinrichtungen wurde vom Forum Fischschutz eine entsprechende Arbeitshilfe erarbeitet.

Aufgrund heutiger Bewertungsmaßstäbe und des aktuellen Erkenntnisstandes bestehen im Bereich vorhandener Kraftwerksanlagen noch ökologische Defizite wie z. B. bei der Durchgängigkeit, der Auenanbindung, der Mindestwasserabgabe und dem Geschiebetransport. Diese sind, auch mit Blick auf die Umsetzung der Ziele der EU-Wasserrahmenrichtlinie zu beheben bzw. zu minimieren.

Die Nutzung und der Potenzialausbau bestehender Standorte und notwendiger, bestehender Querbauwerke, bei gleichzeitiger Minimierung der ökologischen Auswirkungen durch die Wasserkraftnutzung, werden seitens des BfN befürwortet. Hierbei sollten in Deutschland besonders die Potenziale der Kraftwerke mit einer bestehenden Leistung von mehr als 1 MW erweitert werden.

Den Neubau und die Förderung von Wasserkraftanlagen mit Leistungen unter 1 MW hält das BfN für nicht zielführend, da im Verhältnis zu dem zu erzielenden energetischen Ertrag hohe Veränderungen und ökologische Verluste im Gewässer und in angrenzenden Auenbereichen zu erwarten sind. Die Erweiterung und Modernisierung zur Steigerung der Leistungsfähigkeit kleiner Anlagen ab derzeit 250 kW installierter Leistung hält das BfN für sinnvoll, wenn dies mit einer Verbesserung der ökologischen Situation im Gewässer und in der Aue im Einflussbereich der Anlage verbunden wird.