Die Forschungsprojekte des REFOPLAN haben überwiegend eine Laufzeit von zwei bis drei Jahren. Mit dem REFOPLAN kann der Beratungsbedarf, der sich aus den gesetzlich vorgegebenen Fachaufgaben ergibt, durch externe Kapazitäten und Sachverstand unterstützt werden. Projekte können dabei die Form von Untersuchungen, Erhebungen, Gutachten, Stellungnahmen oder Demonstrationsvorhaben annehmen. Für das BfN sind diese Vorhaben wichtig, da sie der wissenschaftlichen Unterstützung der Arbeiten in fast allen Themenbereichen dienen, u. a. der Vorbereitung, Überprüfung und Weiterentwicklung von nationalen und internationalen Rechtsvorschriften und Programmen sowie der wissenschaftsbasierten Unterstützung der hoheitlichen Aufgaben im Vollzug.

Auch in den Fördertiteln des BfN finden wissenschaftliche Begleitungen und Evaluierungen statt. Bei der experimentellen Umsetzung von Naturschutzmaßnahmen im Rahmen von Erprobungs- und Entwicklungs-Vorhaben (E+E-Vorhaben) hat eine wissenschaftliche Begleitforschung die Aufgabe, die Wirkungen der beabsichtigten Maßnahmen sowie ihre Übertragbarkeit wissenschaftlich zu überprüfen.

Für Naturschutzgroßprojekte wird eine Evaluierung durchgeführt, mit der die Ergebnisse dieser auf lange Zeiträume ausgerichteten Projekte wissenschaftlich validiert und dokumentiert sowie ggf. erforderliche Korrekturen vorgenommen werden.

Für das Bundesprogramm Biologische Vielfalt wurde gemeinsam mit dem BMBF 2012 befristet für eine Laufzeit von sechs Jahren eine Forschungsförderung implementiert, die begleitend zu den Umsetzungsvorhaben durch parallele Forschungsaktivitäten wissenschaftliche Erkenntnisse generiert.

Für die extramuralen Forschungsprojekte entwickelt das BfN unter Auswertung des vorhandenen Wissensstandes die Vorhabenskonzeptionen, konkretisiert diese in Leistungsbeschreibungen und koordiniert die Durchführung. Von der Entwicklung der wissenschaftlichen Fragestellung über die Durchführung des Projektes bis hin zur Vorstellung und Publikation der Forschungsergebnisse sind die Mitarbeiter*innen des BfN mit ihrer fachlichen Expertise damit eng in die Vorhaben eingebunden. F+E-Vorhaben werden außerdem von einer projektbegleitenden Arbeitsgruppe (PAG) begleitet. Über Tagungen und Fachgespräche werden zusätzlich externe Wissenschaftler/*nnen sowie Nutzer- und Anwendergruppen in die Durchführung integriert. Die Publikation der Ergebnisse erfolgt vorhabenspezifisch in verschiedenen Medien.