Landnutzungsänderungen zugunsten des Anbaus von Energiepflanzen, wie die Umwandlung von Grün- in Ackerland oder die Inanspruchnahme von Stilllegungsflächen können zu einer Gefährdung der biologischen Vielfalt aber auch zu negativen Klimabilanzen führen. Ebenso hat die Umstellung von bisher extensiv genutzten Agrarflächen auf eine intensive Produktion von Energiepflanzen Folgen für die Biodiversität. 

Vergleichbare Auswirkungen haben indirekte Landnutzungsänderungen, wenn intensiv genutzte Ackerflächen zum Anbau von Energiepflanzen genutzt werden und fehlende Flächen für die Nahrungs- oder Futtermittelproduktion an anderer Stelle neu in die Nutzung genommen werden müssen.

Bereits heute bestehen in Deutschland Flächenkonkurrenzen zwischen dem Anbau von Energiepflanzen und der Nahrungs- und Futtermittelproduktion sowie der naturnahen ökologischen Landbewirtschaftung.

Aufgrund der sehr guten Eignung einiger Anbaukulturen (wie Mais) als Substrat für Biogasanlagen hat sich der Intensivierungsdruck auch auf bereits vorhandenen Ackerflächen weiter verschärft. Die Verengung von Fruchtfolgen führt zu Verlusten von Lebensräumen und Nahrungshabitaten aber auch zu einer Verringerung der Kulturartenvielfalt und einer Monotonisierung der Landschaft.

Zudem besteht die Gefahr der Zunahme des Befalls durch Schädlinge und Krankheiten. Dies führt zu einer vermehrten Verwendung von Pflanzenschutzmitteln bzw. kann argumentativ dazu dienen, den Einsatz von gentechnisch veränderten Organismen zu fordern. Gleichzeitig nehmen die Düngung und damit ggf. auch die Auswaschung von Düngemitteln sowie die Erosionsgefahr zu. Auch die Humusbilanz des Bodens kann sich dadurch sowie durch die Entnahme der gesamten Pflanze negativ entwickeln.

Kurzumtriebsplantagen (KUP) und erhöhte Wasserentnahmen für Bewässerungszwecke (KUP in Auen, Mais in trockenen Gebieten) können die Grundwasserneubildungsrate reduzieren. Hierdurch werden auch natürliche und angrenzende naturnahe Biotoptypen durch Absenkung des Grundwasserspiegels beeinflusst.

Neben der Nachfrage von Biomasse für die Bioenergie besteht insbesondere ein Bedarf in der Lebens- und Futtermittelproduktion sowie für diverse stoffliche Nutzungen zum Beispiel als Rohstoffe für die Bauindustrie, chemische Industrie oder Papier- und Zellstoffindustrie. Bereits aus den vielfältigen Nutzungsmöglichkeiten ergibt sich eine zunehmende Flächeninanspruchnahme und -konkurrenz. Dies führt nicht nur zur Intensivierung der Land- und Forstwirtschaft, sondern auch zu einer Abnahme von Flächen für eine nachhaltige, naturverträgliche Nutzung und als Lebensraum vieler Tiere und Pflanzen.