Die Schifffahrtswege in der Nordsee, besonders in der deutschen Bucht, zählen zu den meistbefahrenen Seewegen der Welt. In der Ostsee ist es nicht anders. Diese zählt ebenso zu den verkehrsreichsten Gebieten weltweit. In den deutschen Gewässern landen zwei Drittel aller Schiffe in den Nordseehäfen an, zum Großteil im Hamburger Hafen. 

Die großen Schiffe bewegen sich meist entlang empfohlener Schifffahrtsrouten. In engen oder besonders stark genutzten Meeresgebieten regeln Verkehrstrennungsgebiete mit genau vorgeschriebenen Fahrwasserbreiten für jede Fahrtrichtung den Verkehr. Hierzu gehören in der Ostsee zum Beispiel der Fehmarnbelt sowie die Kadetrinne nordwestlich vom Darß - die wichtigsten Durchfahrten von der Ostsee in die dänische Beltsee und weiter Richtung Nordsee und umgekehrt. In der Nordsee ist die Ansteuerung zum Beispiel von Hamburg durch die Deutsche Bucht mit der nördlichen und südlichen Schifffahrtsstraße eine der meist befahrenen Wasserstraßen der Welt.

Tabelle 1 gibt einen Eindruck über die Schiffszahlen der deutschen Handelsflotte:

Zwar nahm der Güterumschlag 2009 nach vielen Jahren erstmalig ab (-18%), jedoch prognostizieren Experten nach Überwindung des Handelseinbruchs wieder einen längerfristigen Zuwachs besonders beim Containerumschlag. 2013 war hier bereits ein leichtes Wachstum von 2,1 % zu verzeichnen.
Betrachtet man den Öltransport, so hat sich dieser in den letzten 10 Jahren verdoppelt. Dies betrifft die Menge an Öl und auch die Zahl der Öltanker. Die derzeit größten Öltransporter fassen ca. 450.000 Tonnen Rohöl.
Die Zunahme der Schiffsgrößen mit immer stärkerem Tiefgang hat die stetige Vertiefung der Zufahrtswege zu den Häfen zur Folge. Aktuell sind der Ausbau von Teilen der Ems, Weser, Elbe, des Nord-Ostsee-Kanals und des Seekanals Rostock in der Planung.
Durch diese Entwicklungen ist klar, dass auch die Belastungen auf die Meeresökosysteme und den marinen Naturhaushalt zunehmen werden.

Zu den indirekten Auswirkungen zählen in den Küstengewässern die durch den Ausbau von Flüssen und Ästuaren geschaffenen Veränderungen der hydrologischen Situation wie die Abnahme der Strömungsgeschwindigkeit in den Flüssen sowie die Veränderung der Salinität oder des Tidenhubs bei Nordseeströmen.

Um die ausgebauten Bereiche instand zu halten, sind teils sehr umfangreiche Baggerarbeiten nötig, welche wiederum weitere Wirkungen, wie zum Beispiel Trübungsfahnen, Remobilisierung von Nährstoffen und Lebensraumverlust mit sich bringen. Diese Störungen treten somit im wiederholten Maße – also immer wiederkehrend – auf.

Mit dem Ausbau der Wasserstraßen geht natürlich auch ein gesteigerter Schiffsverkehr einher.

Hinzu kommt die Gefährdung von küstennahen Lebensräumen durch Wellenschlag, Sog und Sedimentaufwirbelung von Wasserfahrzeugen.

Mit mehr Schiffen, die die Wasserstraßen befahren, verstärken sich auch die direkten Auswirkungen auf die Meeresumwelt: neben Schiffshavarien (gerade bei Öltankern) sind das vor allem chronische Verschmutzungen (zum Beispiel ölhaltige Rückstände, Schiffsabfälle (Müll), Fäkalien, toxisch wirkende Antifoulinganstriche), die für eine Vielzahl von Arten und Lebensräume im Meer negative Folgen haben. Beispielhaft sind hier zu nennen die mögliche Schädigung von Eiern und Larven zum Beispiel bei Wellhornschnecken durch Antifoulinganstriche oder die Aufnahme von Plastikmüllteilchen bei Seevögeln.

Ein weiteres gravierendes Problem ist die Einschleppung gebietsfremder Arten.

Beeinträchtigt werden durch den Schiffsverkehr auch die marinen Säugetiere durch die Verletzung und Tötung bei Kollisionen sowie durch Unterwasserlärm mit kontinuierlicher Steigerung des Hintergrundschallpegels. Empfindliche Seevogelarten werden aus ihren angestammten Rast- und Nahrungsgebieten vertrieben (Scheuchwirkung). Forschungsergebnisse zeigen, dass manche Seevogelarten, zum Beispiel die großen Verkehrstrennungsgebiete in der Deutschen Bucht für die Rast meiden.

Eine große Belastung sind die Einleitung von ölhaltigen Abfällen und Tankwaschwasser. Hierbei entstehen Ölteppiche, die gerade bei Seevögeln zu verklebten Gefieder und tödlichen Vergiftungen führen können. Bei Trottellummen zum Beispiel liegt der Anteil von verölten Vögeln an der Gesamtzahl der tot angeschwemmten Tiere in einigen Teilen der Nordsee bei über 50%.
Hier sind eine verbesserte Kontrolle und Vermeidungsstrategien der Einleitungen von ölhaltigem Wasser ganz besonders wichtig.