Nichtheimische Arten werden auch als Neobiota bezeichnet. Nicht alle dieser Neobionten, die eingeschleppt werden, schaffen es, sich in dem neuen Gebiet erfolgreich zu etablieren. Doch manche Organismen, denen es gelingt, stabile Populationen aufzubauen und sich auszubreiten, können ernsthafte Schäden an der Natur und für den Menschen anrichten. Diese nichtheimischen Arten werden auch als invasive Arten bezeichnet. Im deutschen Meeresbereich werden zurzeit etwa alle zwei Jahre drei neue benthische Arten nachgewiesen, wobei die Eintragsrate in der Nordsee höher ist als in der Ostsee.

In aquatischen Ökosystemen erfolgt die Verschleppung heutzutage meist über das Ballastwasser, das genutzt wird, um Schiffe während Leerfahrten zu stabilisieren. Mit dem Wasser werden unzählige Organismen, vor allem ihre freischwimmenden Larven, in entfernten Gebieten aufgenommen und vor der heimischen Küste wieder ins Meer entlassen. Da moderne Schiffe die Ozeane immer schneller überqueren, steigt für diese Organismen die Chance, die Reise zu überleben. Finden sie dann ähnliche ökologische und klimatische Bedingungen wie in ihren Herkunftsgewässern vor, kann es zu einer erfolgreichen Etablierung im Gebiet kommen. In Nord- und Ostsee trifft dies insbesondere auf Arten zu, die tolerant gegenüber Salzgehalts- und Temperaturschwankungen sind und die hohe Fortpflanzungsraten aufweisen.

Aufwuchsorganismen, sogenannte Epibionten, die sich an die Schiffsrümpfe heften, können ebenfalls als „blinde Passagiere“ problemlos weite Distanzen überwinden. Auch die Sportbootschifffahrt spielt auf diese Weise eine Rolle vor allem bei der Weiterverbreitung gebietsfremder Arten.

Einen weiteren Eintragsweg stellt die Aquakultur dar. Durch die Ansiedelung und Zucht importierter Fische, Algen oder Muscheln können sich daran haftende Organismen oder deren Larven sowie die Larven der gezüchteten Organismen selbst im Gebiet ausbreiten.

Auch künstliche Wasserstraßen können Organismen neue Wege der Ausbreitung öffnen. Auf diese Weise ist zum Beispiel die aus dem pono-kaspischen Bereich stammende Schwarzmundgrundel in die Ostsee eingewandert.