231 Lebensraumtypen sind im Anhang I der FFH-Richtlinie aufgelistet. Davon kommen 93 Lebensraumtypen auch in Deutschland vor. Für diese Lebensraumtypen sind nach der FFH-Richtlinie besondere Schutzgebiete auszuweisen. Die FFH-Richtlinie differenziert nach prioritären (*) und nicht prioritären Arten und Lebensraumtypen. Diese Einstufung hat besonders strenge Schutzvorschriften im Falle von Eingriffen zur Folge (vgl. Art. 6 FFH-Richtlinie: FFH-Verträglichkeitsprüfung).

Im Interpretations-Handbuch der Europäischen Kommission (letzte Fassung für EU28: European Commission/DG Environment 2013) werden die Lebensraumtypen des Anhang I der FFH-Richtlinie charakterisiert.

Die EU-Kommission hat den Ausdruck "natürlich" in der FFH-Richtlinie und dem Interpretations-Handbuch klargestellt. Demnach bezieht er sich nicht auf den Ursprung des Lebensraumtyps (primär im Gegensatz zu sekundär), sondern meint (halb-)natürliche Entwicklungsstadien (einschließlich sekundärer Habitate mit (halb-)natürlicher Entwicklung, wenn nicht ausdrücklich anders im Interpretations-Handbuch definiert). Der Begriff "natürlich" ist in einem weiten Sinne anzuwenden, wie ja auch alle sekundären, anthropogenen Habitate der extensiven Kulturlandschaft mit der Entwicklung von natürlicher oder halbnatürlicher Vegetation wie Wiesen, viele Heiden etc. auf Anhang I als "natürliche Habitate" aufgeführt sind.

Für die Gebietsauswahl für Lebensraumtypen der Klimax-Vegetation gibt es eine klare Präferenz für primäre natürliche Habitate. Eine repräsentative Gebietsauswahl sollte jedoch auch sekundäre Vorkommen mit einem halbnatürlichen Entwicklungsstadium umfassen, wenn die gesamte geografische Ausdehnung des Lebensraumtyps nicht nur durch Vorkommen primärer Standorte gesichert werden kann und/oder ein großer Anteil des Lebensraumtyps sekundären Ursprungs ist und die Sicherung der Kohärenz von Natura 2000 nur mit primären Vorkommen allein nicht gewährleistet ist. 

Das Bundesamt für Naturschutz (BfN) hat eine Beschreibung der Lebensraumtypen, die auf die Vorkommen in Deutschland fokussiert, als BfN-Handbuch (Ssymank, Hauke et al. 1998 und Ssymank, Ellwanger et al. 2021) veröffentlicht. Dort sind auch Verbreitungsübersichten der Lebensraumtypen in Deutschland abgedruckt.

Im Zuge der Novellierung der Anhänge I und II der FFH-Richtlinie (Richtlinie 97/62/EG) wurde aufgrund der 1995 beigetretenen Mitgliedsstaaten der Lebensraumtyp 6240* Subkontinentales Steppen-Grasland neu aufgenommen, der auch in Deutschland vorkommt. Im ersten BfN-Handbuch von 1998 wurde dieser Lebensraumtyp noch als Subtyp 6211 unter dem Lebensraumtyp 6210 Trespen-Schwingel-Kalk-Trockenrasen behandelt, was erst in der Neuauflage 2021 bzw. 2022 umgestellt werden kann.

Der Lebensraumtyp 8330 "Völlig oder teilweise unter Wasser liegende Meereshöhlen" kommt entgegen den Angaben im ersten BfN-Handbuch von 1998 nach Expertenmeinung in Deutschland nicht vor.

Im Zuge der Erweiterung der EU 2004 mit 10 neuen Mitgliedstaaten wurden bei einzelnen Lebensraumtypen geringfügige Anpassungen in der Definition bzw. Interpretation erforderlich. Diese gehen auf Klarstellung der EU-Kommission auf den gemeinschaftlichen Bewertungstreffen oder auf Änderungen am Interpretations-Handbuch zurück. Eine der Änderungen mit Relevanz für Deutschland ist die Erweiterung der Definition des Lebensraumtyps 4070 "Buschvegetation mit Pinus mugo und Rhododendron hirsutum" auf silikatische Böden. Eine erste Beschreibung der in diesem Zusammenhang neu aufgenommenen Lebensraumtypen wurde von Balzer, Schröder et al. 2004 veröffentlicht.