In Deutschland sind heute nahezu alle noch intakten Hochmoore in FFH- oder Naturschutzgebieten gesichert, Niedermoore hingegen nur zu einem geringen Teil. 

Dies liegt auch daran, dass nach EU-Recht neben den Hochmooren (LRT 7110, LRT 7120), Übergangs- und Schwingrasenmooren (LRT 7140), Torfmoor-Schlenken (LRT 7150) und Moorwäldern (91D0) nur die kalkreichen Niedermoore (LRT 7230) dem Verschlechterungsverbot der FFH-Richtlinie (Anhang I)  unterliegen. Bodensaure Niedermoore und weitere nach der Roten Liste der gefährdeten Biotoptypen Deutschlands gefährdete Moorbiotoptypen fallen hingegen nicht unter diese Richtlinie. Zwar sind durch das Bundesnaturschutzgesetz (§ 30) alle Moore, Röhrichte, Großseggenrieder sowie seggen- und binsenreiche Nasswiesen als Biotope gesetzlich geschützt. Dies bezieht sich jedoch nur auf aktuell als Moorlebensräume anzusprechende Biotoptypen und nicht auf extensiv genutztes Moorgrünland, das einen hohen naturschutzfachlichen Wert haben kann. 

Zum Schutz aller bedrohten Moorbiotoptypen in Deutschland bedarf es also einer Ausweitung des Schutzes auch auf diese Moorlebensräume.

Auch innerhalb bestehender Schutzgebiete ist der Erhaltungszustand der Moore oft kritisch, da häufig der Wasserhaushalt gestört ist. Zudem tragen atmogene Stickstoffbelastungen und sonstige Nährstoffeinträge aus der Landwirtschaft zur weiteren Gefährdung bei. 

So wird der Erhaltungszustand von Mooren in FFH-Gebieten im zweiten nationalen Bericht nach Art. 17 der FFH-Richtlinie im alpinen Raum noch weitestgehend als „gut“ eingestuft, im kontinentalen Raum befinden sich die Moore überwiegend in einem „unzureichenden“ und die atlantischen sogar in einem „schlechten“ Zustand. Oft fehlt in den Schutzgebieten eine konsequente Umsetzung einer zum Erhalt der Biodiversität und der Ökosystemleistungen notwendigen Revitalisierung der Moore.

Zur Revitalisierung von Mooren ist deren Wiedervernässung zur Erreichung eines intakten Wasserhaushalts der wichtigste Schritt. Dieser ist Grundlage zur Wiederherstellung der charakteristischen Biotopeigenschaften und damit für die Ansiedlung und den Schutz der moortypischen Flora und Fauna. Etablieren sich  auf den vernässten Standorten torfbildende Pflanzengesellschaften kann auch die Senkenwirkung der Moore wieder hergestellt werden. Zudem trägt die Wiedervernässung der Moore entscheidend zum Klimaschutz bei, da die Torfzersetzung durch Sauerstoffabschluss nahezu zum Erliegen kommt und damit die CO₂-Emission drastisch reduziert wird. Fundierten Schätzungen zufolge würde eine klimafreundliche durchgeführte Wiedervernässung der drainierten Moore Deutschlands theoretisch bis zu 35 Mio. Tonnen CO₂ –Äquivalente pro Jahr einsparen (Freibauer et al., 2009). Durch eine erfolgreiche Revitalisierung lassen sich die Ökosystemleistungen der Moore zumindest teilweise wiederherstellen. Dabei werden hohe Synergieeffekte zwischen Natur- und Klimaschutzzielen erreicht.

Allerdings bedarf die Revitalisierung einer fundierten hydrologischen und ökologischen Planung. Die richtige Einstellung des Wasserstands unter Berücksichtigung der Hydrogenese ist dabei von enormer Bedeutung. Andernfalls besteht die Gefahr, noch vorhandene Populationen seltener und gefährdeter Tier- und Pflanzenarten zu vernichten und die klimaschädigende Wirkung der degradierten Moore weiter zu erhöhen. So ist ein flächiger Überstau i.d.R. zu vermeiden, da er die Gefahr hoher Ausgasungen von Methan (CH₄) birgt. Letztendlich sollte sich der einzustellende Wasserstand am jahreszeitlich schwankenden Wasserspiegel natürlicher Moore orientieren.

Die Renaturierung hat aber auch ihre Grenzen. Zu stark anthropogen überprägte Moore lassen sich nicht mehr in einen ursprünglichen Zustand überführen. Und auch die Torfschichten abgetorfter Moore benötigen tausende Jahre um wieder die ehemalige Mächtigkeit zu erlangen. Die Extensivierung der Nutzung stark degradierter Moore oder deren Wiedervernässung trägt dennoch zur Reduktion der Treibhausgasemissionen bei. 

Im Hinblick auf den aktuellen Zustand der Moore in Deutschland in Verbindung mit der zukünftig durch den Klimawandel steigenden Belastung ist die Revitalisierung degradierter Moore von großer Bedeutung.

Nationale Biodiversitätsstrategie (NBS)

Die 2007 vom Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit (BMU) entwickelte Nationale Strategie zur biologischen Vielfalt (NBS) enthält auch eine konkrete Vision zur Erhaltung der Biodiversität der Moore. Darin sind konkrete Ziele formuliert, wie die Sicherung noch bestehender natürlich wachsender Moore, die Regeneration gering geschädigter Hochmoore und regenerierbarer Niedermoore, eine Extensivierung wesentlicher Teile heute intensiv genutzter Niedermoore, eine signifikante Reduktion des Torfschwunds und die Aufrechterhaltung der nährstoff- und kohlendioxidsenkenden Funktion der Moore. Da die Zuständigkeit für die Durchführung von Moorschutzmaßnahmen im Wesentlichen bei den Bundesländern liegt, wird die Erarbeitung von Moorentwicklungskonzepten in allen Bundesländern bis 2010 und deren Umsetzung bis 2025 angestrebt. Aspekte des Klimaschutzes und der Ökosystemdienstleistungen von Mooren spielen dabei zunehmend eine Rolle.

So liegen inzwischen in allen moorreichen Bundeländern Moorentwicklungskonzepte vor. Ein von den Länderfachbehörden der moorreichen Bundesländer erarbeitetes Positionspapier "Potenzial und Ziele zum Moor- und Klimaschutz" konkretisiert die Rahmenziele für den Moorschutz, nennt Maßnahmen und Instrumente für deren Erreichung und zeigt expliziten Handlungsbedarf auf Seiten der Politik auf. Dieses hat als Grundlage für die Erarbeitung einer Bund-Länder-Zielvereinbarung zum Klimaschutz durch Moorbodenschutz gedient, die Grundsätze, Ziele und Maßnahmen zum Moorbodenschutz weiter konkretisiert.

Zum Schutz einiger besonders bedeutsamer Moorgebiete in Deutschland werden auch Fördermittel des Bundes und der EU eingesetzt. Eine Bundesförderung ist zudem für Forschungsprojekte zum Moorschutz möglich.

Naturschutzgroßprojekte mit Bundesförderung

Im Rahmen des Förderprogramms des Bundes "Chance.natur-Bundesförderung Naturschutz" werden auch viele Naturschutzgroßprojekte gefördert, die Maßnahmen zum Moorschutz und zur Moorrevitalisierung umfassen bzw. diese zum Schwerpunkt haben.