Für die natürlichen Lebensräume ist nach Art. 1(e) der FFH-Richtlinie ein günstiger Erhaltungszustand zu bewahren oder wieder herzustellen. Das bedeutet vereinfacht ausgedrückt:

• dass die Lebensraum-Flächen und auch deren natürliche Ausdehnung über viele Jahre beständig sind, von negativen menschlichen Einwirkungen unbeeinträchtigt bleiben oder sich ausdehnen sollen,
• dass die für diesen Lebensraum typischen Elemente (zum Beispiel Sediment, Salinität, Strömung) und spezifischen Funktionen langfristig in ihrer natürlichen Dynamik fortbestehen können,
• dass die für diesen Lebensraum typischen Tier- und Pflanzenpopulationen langfristig überlebensfähig sind oder sich sogar vergrößern.

Aus diesen Gründen werden Schutzgebiete für das ökologische Netz NATURA 2000 eingerichtet. Für die zu schützenden Gebiete legen die EU-Mitgliedstaaten gemäß Artikel 6 der FFH-Richtlinie die Erhaltungs- und Entwicklungsmaßnahmen fest und treffen Maßnahmen, die eine Verschlechterung des Erhaltungszustandes bzw. die Störung der Lebensräume vermeiden. Außerdem werden über die FFH-Richtlinie die Verträglichkeitsprüfung bei Plänen und Projekten, die möglicherweise das Gebiet beeinträchtigen könnten, sowie das Verfahren im Falle eines Eingriffs geregelt.

Sandbänke und Riffe weisen spezifische Lebensgemeinschaften von Tier- und Pflanzenarten auf, sind Aufwachs- und Ausbreitungsgebiet, bieten Schutz und Nahrung. Sie übernehmen daher wichtige ökologische Funktionen, zum Beispiel als Wiederaufbau-, Nahrungs- und Rasthabitat für Vögel, Meeressäugetiere und Fische. Eine besonders hohe Artenvielfalt zeigen vor allem diejenigen Gebiete, in denen beide Lebensraumtypen verzahnt miteinander vorkommen.