Mit der FFH-Richtlinie verpflichten sich die Mitgliedstaaten in Art. 11 zur Überwachung des Erhaltungszustandes (Monitoring) der Lebensraumtypen (Anhang I) und Arten (Anhänge II, IV und V) von europäischem Interesse.

Der Bezugsraum für die Bewertung des Erhaltungszustandes sind die biogeographischen Regionen. Deutschland hat Anteile an der atlantischen, kontinentalen und alpinen biogeographischen Region. Für die kontinentale und atlantische Region Deutschlands erfolgt die qualitative Überwachung des Erhaltungszustandes der LRT des Anhangs I und der Arten der Anhänge II und IV über das bundesweite FFH-Monitoring. Hierbei werden Vorkommen der Schutzgüter sowohl innerhalb als auch außerhalb der FFH-Gebiete in regelmäßigen Abständen nach abgestimmten Methoden und Vorgaben untersucht und bewertet. Sind innerhalb einer biogeographischen Region weniger als 63 Vorkommen bekannt, so werden alle bekannten Vorkommen untersucht. Bei Schutzgütern mit mehr als 63 Vorkommen erfolgt das Monitoring im Rahmen einer Stichprobe aus mindestens 63 Vorkommen. In der Berichtsperiode 2019-2024 findet der dritte Durchgang des bundesweiten FFH-Monitorings statt.

Als Grundlage für eine einheitliche Bewertung wurden in Bund-Länder-Arbeitskreisen unter Einbeziehung weiterer Expert*innen Bewertungsschemata mit den methodischen Empfehlungen für die Untersuchung und Bewertung des Erhaltungsgrades einzelner Vorkommen erarbeitet. Für das bundesweite FFH-Monitoring wurden diese Bewertungsschemata in einer ersten Überarbeitung operationalisiert. Diese operationalisierten Bewertungsschemata wurden in der Berichtsperiode 2007-2012 erstmalig angewandt. Der aus diesen Anwendungserfahrungen deutlich gewordene Änderungsbedarf wurde von den Länderfachbehörden bzw. den mit dem Monitoring beauftragten Personen analysiert, dokumentiert und dem BfN als Grundlage für die zweite Überarbeitung mitgeteilt. Das Ergebnis der Überarbeitung wurde vom ständigen Ausschuss „Grundsatzfragen und Natura 2000“ der LANA beschlossen und von der LANA-Vollversammlung am 10./11.03.2016 angenommen.

Die Bewertungsschemata Meeres- und Küstenlebensraumtypen mit Stand 2008 gelten unverändert.

Der BfN-Schriftenband 480 enthält die zweite Überarbeitung (Stand 2017) der Bewertungsschemata für die Bewertung des Erhaltungsgrades von Arten nach Anhang II und IV der FFH-Richtlinie (mit Ausnahme der marinen Säugetiere). Darin enthalten sind Bewertungsschemata zu folgenden Artengruppen: Moose, Gefäßpflanzen, Mollusken, Libellen, Käfer, Schmetterlinge, Amphibien und Reptilien, Säugetiere, Fische, Rundmäuler und sonstige Arten.

Die Länderfachbehörden und das BfN haben mit Unterstützung des F+E-Vorhabens Konzeptionelle Umsetzung der EU-Vorgaben zum FFH-Monitoring und Berichtspflichten in Deutschland einen Vorschlag für ein bundesweit einheitliches, stichprobenbasiertes Vorgehen beim FFH-Monitoring erarbeitet:

BfN-Schriftenband 278 „Konzept zum Monitoring des Erhaltungszustandes von Lebensraumtypen und Arten der FFH-Richtlinie (Sachteleben J.; Behrens M. 2010).

Die Umsetzung dieses Konzepts wurde auf der 97. Sitzung der Bund/Länder-Arbeitsgemeinschaft Naturschutz, Landschaftspflege und Erholung (LANA) im März 2008 in Eltville beschlossen. Die Länder haben folgenden Eckpunkten des Konzeptes zugestimmt:

• Methoden im Gelände: Für jede Art und jeden Lebensraumtyp werden bundesweit die gleichen Erfassungsmethoden und abgestimmte Zählgrößen (z.B. Vorkommen, Laichballen, Rufer usw.) angewandt. Grundlage der Erfassung und Bewertung sind die derzeit gültigen Bewertungsschemata.

• Erfassungsintervall: Das Intervall wurde art- bzw. lebensraumspezifisch festgelegt (kompatibel zur Berichtsperiode entweder jährlich, drei, zwei oder nur einmal in 6 Jahren). Bei Arten bzw. Lebensraumtypen mit hohen Bestandsschwankungen (z.B. Insekten) ist das Erfassungsintervall kürzer als bei solchen mit geringer Dynamik.

• Umfang: Um den Aufwand zu begrenzen, werden nur seltene Arten bzw. Lebensraumtypen vollständig erfasst (d.h. Erfassung aller bekannten Vorkommen, "Totalzensus"). Häufige Arten bzw. Lebensraumtypen werden stichprobenartig erfasst. Aufgrund statistischer Überlegungen wurde der Schwellenwert zur Differenzierung von „selten“ und „häufig“ bei 63 Vorkommen je biogeografischer Region festgelegt: Arten bzw. Lebensraumtypen mit mehr Vorkommen werden mit mindestens 63 Stichprobenvorkommen erfasst. Das Monitoring erfolgt sowohl innerhalb als auch außerhalb von FFH-Gebieten.

• Verbundenes Design: Das Monitoring basiert auf einer verbundenen Stichprobe, d.h. es werden bei jedem Durchgang dieselben Vorkommen erfasst. Dieses Vorgehen reduziert den Auswahl- und Erfassungsaufwand und erhöht die Aussagegenauigkeit.

• Auswahl der Vorkommen: Die Anzahl der zu erfassenden Vorkommen wird nach Areal- bzw. Vorkommensanteil gewichtet auf die Bundesländer verteilt. Die zu erfassenden Vorkommen werden zufällig und damit repräsentativ aus allen dort bekannten Vorkommen ausgewählt.

• Laut Beschluss der LANA werden die Anhang V-Arten nicht in das bundesweite FFH-Monitoring einbezogen.

• Für bestimmte Artengruppen und Lebensraumtypen kann auf bestehende Monitoringsysteme zurückgegriffen werden (z.B. Erfassung der FFH-Fischarten im Rahmen der Wasserrahmenrichtlinie, Fischotter-Monitoring und Luchsmonitoring in den Ländern).

• Wie im LANA-Beschluss vorgesehen, wird die Bundeswaldinventur (BWI) genutzt, um Daten für die Erfassung und Bewertung der häufigen FFH-Waldlebensraumtypen zu generieren. Dafür werden seit der Durchführung der dritten BWI auf BWI-Probenflächen, die einer FFH-LRT treffen, zusätzliche Merkmale erhoben. Das Vorgehen ist in der Publikation des Thünen Institut:  "Methode zur Erfassung und Bewertung der FFH-Waldlebensraumtypen im Rahmen der dritten Bundeswaldinventur (BWI-2012)" beschrieben.

Die FFH-Monitoringdaten zum Erhaltungszustand von FFH-Arten und -Lebensraumtypen werden auch als Grundlage für verschiedene Politik-Indikatoren, z.B. im Rahmen der Nationalen Biodiversitätsstrategie verwendet.