Hier ist das BfN gefordert: In der deutschen auschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) von Nord- und Ostsee ist dem Bundesamt für Naturschutz die grundsätzliche Zuständigkeit zur Durchführung der Vorschriften des Bundesnaturschutzgesetzes und des Umweltschadensgesetzes im Hinblick auf Biodiversitätsschäden übertragen (§ 58 Abs. 1 S. 1 BNatSchG). Als zuständige Naturschutzbehörde prüft das BfN im Rahmen der Genehmigungsverfahren die vielfältigen Eingriffe des Menschen in der deutschen AWZ naturschutzfachlich und rechtlich. Das bedeutet unter anderem: das BfN beurteilt die Einflussfaktoren der einzelnen Vorhaben und die damit einhergehenden Beeinträchtigungen umfassend insbesondere hinsichtlich ihrer Auswirkungen auf Arten und Lebensräume. Im Fokus stehen dabei geschützten Arten, zum Beispiel Meeressäugetiere, Seevögel und bestimmte Fischarten sowie geschützte Biotope wie Sandbänke und Riffe. Das BfN ermittelt und empfiehlt dabei auch mögliche Lösungen für eine naturverträglichere Form der Nutzung - entwickelt also Vorschläge für Maßnahmen zur Vermeidung und Minderung negativer Folgen menschlicher Einwirkungen.

Der zunehmende Nutzungsdruck in den deutschen Meeresgebieten führt dazu, dass man eher von einem „Wirtschaftsraum“ als von einem „Naturraum“ sprechen müsste. In diesem Spannungsfeld zwischen wirtschaftlicher Nutzung und ökologisch wertvollem Naturraum stehen Nord- und Ostsee heute.

Wenn jedoch der Naturraum Meer erhalten bleiben und die natürlichen Ressourcen auch noch zukünftigen Generationen zur Verfügung stehen sollen, dann können nur ökologisch tragfähige Nutzungen und Nutzungswünsche zugelassen werden. D.h., dass die Grenzen der Tragfähigkeit und Belastbarkeit der marinen Ökosysteme anerkannt, respektiert und bei allen menschlichen Handlungen berücksichtigt werden müssen.

Um das zu gewährleisten, aber auch um bestehende Nutzungskonflikte zu lösen, bedarf es unter anderem einer verantwortungsvollen, integrierten Raumordnung im Meer. Jahrzehntelang war die Raumordnung nur an Land und innerhalb der 12-Seemeilen-Zone möglich, wo sie in die Zuständigkeit der Bundesländer fällt. Seit der Neuregelung des Raumordnungsgesetzes (2004) obliegt die Raumordnung in der ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) dem Bund. Zuständig sind das Bundesministerium für Verkehr und digitale Infrastruktur (BMVI, ehemals BMVBS) und das Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie (BSH). Die Verordnungen über die Raumordnung in der deutschen AWZ der Nord- und der deutschen AWZ der Ostsee traten 2009 in Kraft. Bereits 2006 hatte das BfN in seinem ersten naturschutzfachlichen Planungsbeitrag   (2006) unter anderem Leitsätze im Sinne eines Leitbildes für die Entwicklung der AWZ in Nord- und Ostsee sowie Grundsätze und Ziele zur Sicherung und Entwicklung des Naturraumes AWZ entwickelt. Diese tragen den Besonderheiten des Meeresraumes Rechnung und unterstützen eine aus Sicht des Naturschutzes nachhaltige Raumentwicklung der AWZ. Zu diesen Zielen zählen beispielsweise die Festlegung von Schutzgebieten in der AWZ als Vorranggebiete für den Naturschutz oder die Freihaltung von Zugkorridoren für den Vogelzug.

Aktuell (2020) werden die Raumordnungspläne für die deutsche ausschließliche Wirtschaftszone (AWZ) in Nord- und Ostsee fortgeschrieben. Stetig wachsende Nutzungsinteressen haben zur Folge, dass sich der einzigartige Lebensraum zahlreicher Tier- und Pflanzenarten zunehmend in einen Wirtschaftsraum wandelt. Das BfN setzt sich für eine nachhaltige Raumentwicklung in der AWZ ein, die einen ausgewogenen Interessenausgleich zwischen Schutz und Nutzung der marinen Ökosysteme sicherstellt.