Einheimische Arten sehen sich plötzlich einer neuen Konkurrenz um Lebensraum und Ressourcen ausgesetzt. Im schlimmsten Fall werden sie von den Neuankömmlingen aus ihrer eigenen ökologischen Nische verdrängt. Die Rippenqualle (Meerwalnuss, Mnemiopsis leidyi) beispielsweise, die 2006 das erste Mal in der Ostsee nachgewiesen wurde, frisst bevorzugt Zooplankton, das auch Fischlarven als Nahrung dient und kann somit indirekt die Fischbestände reduzieren. Doch auch die Larven selbst stehen auf dem Speiseplan der Qualle, die wegen ihres Aussehens auch Meerwalnuss genannt wird. Nicht-einheimische Arten können also auch als Räuber die einheimische Flora und Fauna gefährden. Erhebliche Schäden durch diese Art, wie sie zum Beispiel im Schwarzen Meer beobachtet wurden, konnten aber glücklicherweise in der Ostsee bisher noch nicht festgestellt werden.

Es kann außerdem zu einer Veränderung des Genpools kommen. Wenn sich einheimische und nicht-einheimische Arten miteinander fortpflanzen, ist der Verlust von Genen und damit der biologischen Vielfalt die Folge. Der Fortbestand indigener Arten oder Sub-Populationen, beispielsweise bei Lachsen, kann somit nicht mehr gewährleistet werden. Bei Aquakultur-Lachsen kommt erschwerend hinzu, dass sie zum Teil gentechnisch verändert wurden und sich diese künstlichen Gene auf heimische Bestände übertragen können.

Doch nicht nur die Organismen selbst können ein Risiko für die einheimische Lebewelt darstellen. Auch Krankheitserreger und Parasiten werden mit ihnen eingeschleppt. Die Chinesische Wollhandkrabbe beispielsweise, die bereits 1915 regelmäßig als Beifang in Nord- und Ostsee gesichtet wurde, fungiert als Zwischenwirt des Lungenwurms Paragonimus, eines Parasiten, der Menschen und krebsfressende Säugetiere befällt und ursprünglich im asiatischen Raum beheimatet ist.

Gebietsfremde Arten können auch Prozesse und Dynamiken im Ökosystem so grundlegend verändern, dass die einheimischen Arten verdrängt werden. Zum Beispiel verdrängt die aus dem Indopazifik stammende Algenart Caulerpa taxifolia Seegraswiesen im Mittelmeer und bewirkt damit eine weitreichende Veränderung der Biozönose.

Selbst wirtschaftliche Schäden können Folge von Invasionen sein. Die Wollhandkrabbe beispielsweise gräbt Gänge und Tunnel in Uferböschungen und Küstenschutzsysteme. Der Schiffsbohrwurm (Teredo navalis), bei dem es sich tatsächlich um eine Muschel handelt, zerstört mit seiner Bohraktivität vor allem die Buhnen und andere hölzerne Bauwerke in der Ostsee (mit Schäden in dreistelliger Millionenhöhe seit 1995). Allerdings ist es bei dieser sehr invasiven Art nicht sicher, ob sie hier eingeschleppt oder im Gegenteil von hier aus in die ganze Welt verteilt wurde.