Die Schutzgebiete des ökologischen Netzes Natura 2000 dienen im Wesentlichen dem Schutz der in den Anhängen I und II der FFH-Richtlinie aufgeführten Lebensraumtypen und Arten gemeinschaftlicher Bedeutung, sowie der in Anhang I der Vogelschutzrichtlinie genannten Vogelarten und weiteren regelmäßig auftretenden Zugvogelarten in den Mitgliedstaaten. Zudem sind die Tier- und Pflanzenarten gemeinschaftlichen Interesses des Anhangs IV der FFH-Richtlinie streng zu schützen. Bestimmte wirtschaftlich genutzte Arten wie z. B. die Arzneipflanze Arnika (Arnica montana) sind im Anhang V gelistet. Sie unterliegen Bestimmungen, die eine nachhaltige Nutzung ermöglichen und sichern sollen, ohne die Arten in ihrem Bestand zu gefährden. 

Insgesamt sind mehr als 1.000 Tier- und Pflanzenarten (Anhang II, IV, V) in den Anhängen der FFH-Richtlinie aufgelistet. Sie sind aufgrund ihrer europaweiten Gefährdung und Verbreitung als Arten und Lebensräume gemeinschaftlicher Bedeutung in die Anhänge aufgenommen worden. In Deutschland kommen insgesamt 281 heimische Tier- und Pflanzenarten der Anhänge II, IV und V vor. Sie verteilen sich mit 138 Arten auf Anhang II, 134 Arten auf Anhang IV sowie 103 Arten auf Anhang V. Einige Arten sind gleichzeitig auf verschiedenen Anhängen gelistet. Die Zahlen beinhalten auch die nach der Roten Liste Deutschland als ausgestorben oder verschollen geführten Arten. Hinzu kommen 11 Arten, die nur unbeständige bzw. nicht autochthone oder nicht eigenständige Vorkommen in Deutschland aufweisen. 

Die Zusammenstellung der Anhänge I und II der FFH-Richtlinie differenziert nach prioritären (*) und nicht prioritären Arten und Lebensraumtypen. Diese Einstufung hat besonders strenge Schutzvorschriften im Falle von Eingriffen zur Folge (Art. 6 der FFH-Richtlinie). 

Ziel der Vogelschutzrichtlinie ist der Erhalt aller im europäischen Gebiet der Mitgliedstaaten natürlicherweise vorkommenden Vogelarten, sowie die Gewährleistung eines für deren langfristiges Überleben ausreichenden Bestandes. BirdLife International (2017) gibt für Europa circa 540 regelmäßig auftretende Vogelarten an. Der Anhang I der Vogelschutzrichtlinie führt die besonders gefährdeten bzw. schutzwürdigen Arten auf und umfasst zurzeit 190 Arten bzw. Unterarten. In Deutschland kommen nahezu 100 Arten des Anhangs I der Vogelschutzrichtlinie vor. Nach Barthel & Krüger (2018) zählen 254 Arten zur rezenten Brutvogelfauna Deutschlands. Bei sieben dieser Vogelarten handelt es sich um ursprünglich nicht autochthone, sondern ausgesetzte und offenbar fest etablierte Arten.