Das Bundesamt für Ernährungssicherheit wurde als Behörde durch das GESG gegründet. Die wesentlichen Aufgaben sind die Zulassung und Zertifizierung sowie Kontrolle und Überwachung der Inverkehrbringung von landwirtschaftlichen Betriebsmitteln gemäß Saatgutgesetz, Pflanzgutgesetz, Sortenschutzgesetz,  Pflanzenschutzmittelgesetz , Pflanzenschutzgesetz,  Futtermittelgesetz, Düngemittelgesetz und Vermarktungsnormengesetz, sowie die Überwachung von Prüfstellen gemäß § 52 Chemikaliengesetz und geltende Rechtsgrundlagen zur illegalen Fischerei. Hierbei kommt dem BAES die Rolle des Risikomanagers zu. Das bedeutet, dass Sachverhalte aus den genannten Materien (siehe Gesetze) auf Basis wissenschaftlicher Gutachten zum Schutz von Mensch, Tier und Pflanze beurteilt und behördlichen Entscheidungen zugeführt werden. Die Entscheidungsfindung erfolgt objektiv und unabhängig.