Häufig wir die Debatte auf vermeintliche Gefahren für Vögel und Insekten gelenkt. Bei letzteren ist klar: Viele Insekten, die Teil der Nahrungskette von Feldvögeln oder Blütenbestäuber sind, erreichen die Rotorblatt-Höhen gar nicht. Vielmehr ist das Insektensterben durch Ackergift oder Versiegelung tatsächlich gravierend und die zu lösende Aufgabe für mehr Insektenschutz.
Auch Argumente zum Schutz von Vögeln lassen außer Acht: Das Risiko von Rotorschlag ist klein gegenüber den Gefahren durch Bebauung, Verkehr und Landwirtschaft. Aktuelle Forschungen der EU-Kommission (Life-Eurokite-Projekt) zeigen: Die größte Gefahr für den Greifvogel ist nicht das Windrad, sondern Giftköder, d.h. die illegale direkte Vergiftung zur Tötung von Raubtieren, Nutztieren und Wildtieren (Füchse, Wölfe, Korviden usw.), sowie die indirekte Vergiftung durch Pestizide und die Sekundärvergiftung durch den Verzehr vergifteter Nagetiere durch Rodentizide auf dem Ackerland, insbesondere in den Überwinterungsgebieten in Frankreich und Spanien. Auch der Rückgang der Weideviehhaltung und die Intensivierung der Landwirtschaft, die zu chemischer Verschmutzung, Homogenisierung der Landschaften und ökologischer Verarmung führen, bedrohen die Art. Dennoch: Auch die Planung kann und muss Rücksicht auf vermeidbare Risiken nehmen. Das passiert entspr. der gesetzlichen Regelungen durch eine Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) oder eine UVP-Vorprüfung und hängt u.a. von der Anzahl der geplanten Anlagen ab.
Beim Naturschutz allgemein definiert der aktuell geltende Thüringer Windenergieerlass aus dem Jahr 2016 als Empfehlung an die Planungsgemeinschaften harte und weiche Tabuzonen. Der Nationalpark Hainich, Naturschutzgebiete, das europäische Schutzgebietssystem „Natura 2000“ nach der FFH-Richtlinie sowie weite Bereiche der Biosphärenreservate und Naturparke sind großteils außen vor. In einigen Naturparken, Landschaftsschutzgebieten und im Biosphärenreservat Rhön macht das TMUEN den Planungsgemeinschaften allerdings das Angebot, für die Energiewende notwendige Vorranggebiete durch Änderung der Rechtsgrundlagen zuzulassen. Die Initiative zur Nutzung des im Erlass näher beschriebenen Rahmens liegt bei der Region selbst, die auch die Alternativen prüfen und abwägen muss.