Walter onderzoekt een reeks uitzonderlijke bankovervallen die tegen alle wetenschap ingaan en realiseert zich dat de hightech dieven het gemunt hebben op iets wat hij in zijn bezit heeft.
Wanneer een vreemde parasiet zicht vasthecht aan de interne organen van een agent die op sterven ligt, haast agent Dunham zich naar Duitsland voor een ontmoeting met een gevangene die informatie heeft over een veel grotere dreiging.
Duitse agenten ondervragen Olivia wanneer dhr. Jones terugkeert en een dodelijke gifstof wordt vrijgegeven die veroorzaakt dat slachtoffers doodgaan zonder gezicht omdat hun openingen plotseling en op mysterieuze wijze dichtgaan.
In de seizoensfinale wordt de Fringe Division aangevallen, keert dhr. Jones terug, verdwijnt Walter en maakt de ongrijpbare William Bell (LEONARD NIMOY) van Massive Dynamics eindelijk zijn opwachting.
Walter gaat naar het Alternatieve universum om te helpen bij het onderzoek naar een Fringe-gebeurtenis met banden met beide werelden. David Robert Jones onthult zijn volgende doelwit.