In de seizoenspremière van het tweede seizoen vraagt Reese rechercheurs Carter en Fusco om te helpen bij de zoektocht naar Finch, die in de cliffhanger van het eerste seizoen is ontvoerd.
Met de hulp van de machine komt Reese (JIM CAVIEZEL) dichter bij Finch (MICHAEL EMERSON) terwijl hij de schokkende details van Roots verleden onthult.
Reese werkt op de computer terwijl Finch veldwerk uitvoert met hun nieuwste doelwit, een conciërge die zijn huurders te nauw in de gaten houdt.
Elizabeth volgt het advies op van Madeleine Albright, de voormalige minister van Buitenlandse Zaken.
Als een Russische kernonderzeeër in Amerikaanse wateren verdwijnt, moet Elizabeth uiterst voorzichtig te werk gaan.