著名な弁護士で州議会のロビイストが誘拐される。CBIがその事件を捜査することになるが、DLEの局長はジェーンに事件を担当させたいと思っている。だが、セカンド・シーズンで、宿敵の連続殺人鬼レッド・ジョンと直面したあと、ジェーンは捜査チームと自分の将来に確信がもてずにいた。
ジェーンの義理の弟ダニー・ラスキンが町に戻り、殺人事件の捜査の巻き添えを食ってしまう。ジェーンは自分の暗い過去を再び振り返り、やりたくない気持ちとは裏腹に、手を貸さなくてはならなくなる。
ジェーンとクリスティ－ナはついに初デートにこぎつけるが、その最中に事件発生の連絡が入ってしまう。被害者はアジア系の学生で、殺害方法がレッド・ジョンのスタイルであったが、ジェーンは偽物＝コピーキャットの犯行であると見抜く。しかし、この事件がきっかけで本物のレッド・ジョンが動き出す。ジェーンとレッド・ジョンの熾烈な頭脳戦が再び始まる！
厳重に警備された裕福な家族の屋敷で起こった殺人と行方不明者が、ジェーンとCBIチームを混乱させる。
メディア・コングロマリットであるハリントン・メディアの新CEO就任パーティーで、前CEOの息子ザンダー・ハリントンが殺害される。オフィスから新聞社のリストラに関するファイルがなくなっており、ジェーンはファイルを盗んだ犯人を探り当てる。一方、ジェーンとCBIチームは、カルト教団のリーダーであるブレットにも疑いの目を向ける。
