Les conséquences de l’accident de Liam valent à Fiona une visite à la prison du comté— incertaine de son avenir et de celui de Liam. Pendant ce temps, la famille (à l’exception de Frank) attend nerveusement des nouvelles sur l’état de Liam à l’hôpital.
Après avoir tué Cole Harmon, Dexter et Lumen veulent passer à l'étape suivante et mieux cerner Jordan Chase. Dexter apprend l'identité de la femme dont Jordan garde un échantillon de sang : il s'agit d'une certaine Emily Birch. Dexter pense qu'elle est la première victime de Jordan, Boyd, Dan, Cole et d'un cinquième individu, non encore identifié.
L'équipe se rend à Philadelphie pour enquêter sur un nouveau meurtre du réplicateur. Seulement cette fois, il a commis le meurtre en question dans une ville différente de celle où avait eu lieu le meurtre original. L'équipe est aussi surprise de découvrir qu'un deuxième assassinat identique est perpétré. Or, le réplicateur n'a jamais imité deux fois le même meurtre.
L’équipe du NCIS est chargée d’enquêter sur la mort de Rachmed Santoso, un fondamentaliste musulman soupçonné d’être mêlé à un attentat terroriste imminent et qui semble avoir été la victime d’une exécution sommaire. Mais la découverte dans l’Idaho du corps d’Edward Tyler, un Marine abattu dans les mêmes conditions que Santoso, complique l’enquête. Sam et Callen sont alors dépêchés sur place pour collaborer avec l’équipe Red du NCIS, chargée de l’enquête sur la mort de Tyler.
Après avoir réussi à empêcher l’attentat fomenté par Robert Spears et sa cellule terroriste, l’équipe de Los Angeles et l’équipe Red essayent par tous les moyens de retrouver Spears avant qu’il ne parvienne à quitter le pays. Mais ils vont rapidement découvrir qu’il n’est peut-être pas le tueur qu’ils recherchent, mais la cible de celui-ci.