In der Premiere der dritten Staffel ist Jane unschlüssig, ob er nach seinem Zusammentreffen mit Red John überhaupt noch beim CBI bleiben will.
Als auf einem schwer bewachten Grundstück einer wohlhabenden Familie ein Mord geschieht und die Verdächtige vermisst wird, sind die Fähigkeiten von Patrick Jane und dem CBI gefordert.
Ein Goldsucher wird in der Nähe eines Bergbauwerks tot aufgefunden. Weil Lisbon bereits früh in den Ermittlungen verletzt wird, nimmt Agent Hightower erstmals aktiv an den Ermittlungen teil.
Das Finale der dritten Staffel enthüllt letztlich den CBI Informanten von Red John. Patrick Jane und der Serienkiller stehen sich von Angesicht zu Angesicht gegenüber.
Das CBI ermittelt im Mordfall eines Antiquitätenhändlers, der tot in einem Museum gefunden wurde. Die Beweise legen nahe, dass der Tatverdächtige möglicherweise ein Mitglied des Teams ist.