Coulson se lanza al ataque para salvar a Skye, alistando la ayuda de la antigua S.O. de Ward, John Garrett (Bill Paxton), y descubre verdades sorprendentes sobre su propia vida y S.H.I.E.L.D.
Coulson y su equipo se encuentran sin nadie en quien confiar, solo para descubrir que están atrapados con un traidor entre ellos.
Con el coronel Glenn Talbot ahora en su camino, Coulson y su equipo buscan refugio en un lugar insospechado. Ahí comienzan a descubrir los secretos más peligrosos de S.H.I.E.L.D., mismos que podrían destruirlos a todos.
Antes del final épico de temporada, la traición de Ward y los secretos impactantes de HYDRA se revelan, cuando el equipo de Coulson va de incógnito a una misión que no deja a nadie ileso.
Los agentes Garrett y Triplett están de regreso para ayudar al equipo de Coulson a rastrear al enemigo infame de S.H.I.E.L.D., Clairvoyant, pero ¿Deathlok los destruirá a todos para proteger la identidad de su maestro?