Skip to main page content
U.S. flag

An official website of the United States government

Dot gov

The .gov means it’s official.
Federal government websites often end in .gov or .mil. Before sharing sensitive information, make sure you’re on a federal government site.

Https

The site is secure.
The https:// ensures that you are connecting to the official website and that any information you provide is encrypted and transmitted securely.

Access keys NCBI Homepage MyNCBI Homepage Main Content Main Navigation
. 1987 Jun-Jul;69(6-7):591-600.
doi: 10.1016/0300-9084(87)90178-7.

Enteric coronavirus TGEV: partial sequence of the genomic RNA, its organization and expression

D Rasschaert  1 , J Gelfi, H Laude
Affiliations

Enteric coronavirus TGEV: partial sequence of the genomic RNA, its organization and expression

D Rasschaert et al. Biochimie. 1987 Jun-Jul.

Abstract
in English, French

The sequence of the 3'-most 8300 nucleotides of the genome RNA of the Purdue-115 strain of the transmissible gastroenteritis virus TGEV, a porcine coronavirus, was determined from cDNA clones. The available sequence corresponds to the part of the genome (total length greater than 20 kb) expressed through subgenomic mRNAs. The 5 subgenomic and the genomic RNA species detected in TGEV-infected cells form a 3'-coterminal 'nested' structure, a unique feature of Coronaviridae. The transcription initiation site of the TGEV subgenomic RNAs appears to involve the hexameric sequence 5'CTAAAC, which is present upstream from each coding region. In addition to the previously identified genes encoding the three structural proteins, E2, E1 and N, two regions, X1 and X2, corresponding to the non-overlapping portion of mRNAs 4 and 3, may code for so far unidentified non-structural polypeptides. The predicted X1 polypeptide (9.2 kDa) is highly hydrophobic. The sequence of the X2 region allows the translation of two non-overlapping products, i.e., X2a (7.7 kDa) and X2b (18.8 kDa). No RNA species liable to express the extreme 3' open reading frame X3 was found.

La séquence des 8300 nucléotides en région 3′ de l'ARN génomique du coronavirus porcin TGEV (souche Purdue-115) a été établie à partir de clones d'ADNc. Par rapport au génome entier (>20 kb), cela recouvre l'ensemble des séquences exprimées par l'intermédiaire d'ARNs messagers de taille subgénomique. Les 5 espèces d'ARN subgénomiques et l'ARN génomique détectés dans les cellules infectées forment des séquences emboǐtées co-terminales en 3′, ce qui est caractéristique du mode de réplication des Coronaviridae. Une séquence hexamérique, 5ĆTAAAC, présente juste en amont de chaque région codante, constituerait le site d'initiation de la transcription des ARN subgénomiques du TGEV. Outre les gènes des 3 protéines structurales E2, El et N précédemment identifiés, deux régions X1 et X2, correspondant à la région ⪡unique⪢ des ARNm 4 et 3, pourraient coder pour des polypeptides non-structuraux, actuellement non-identifiés. L'un despolypeptides prédits, X1 (9.2 kDa) est extrêmement hydrophobe.

Deux produits complétement distincts, X2a (7.7 kDa)) et X2b (18.8 kDa), pourraient être traduits á partis du mRNA 3. Aucun ARN susceptible d'exprimer la phase condante située á l'extrémité (X3) n'a été mis en évidence.

PubMed Disclaimer

Similar articles

See all similar articles

Cited by

See all "Cited by" articles

References

    1. Siddell S., Wege H., Ter Meulen V. J. Gen. Virol. 1983;64:761–776. - PubMed
    1. Brian D.A., Dennis E.D., Guy J.S. J. Virol. 1980;34:410–415. - PMC - PubMed
    1. Kapke P.A., Brian D.A. Virology. 1986;151:41–49. - PMC - PubMed
    1. Laude H., Rasschaert D., Huet J.C. J. Gen. Virol. 1987;68:1687–1693. - PubMed
    1. Rasschaert D., Laude H. J. Gen. Virol. 1987;68:1883–1890. - PubMed

LinkOut - more resources