Наряду с конституционными органами (Исполнительный совет, региональные ассоциации и технические комиссии) Всемирный метеорологический конгресс учреждает дополнительные органы для консультирования по конкретным вопросам.
В настоящее время дополнительные органы включают в себя:
Совет по исследованиям в областях погоды, климата, воды и окружающей среды (Совет по исследованиям), выступающий в качестве основного канала для привлечения международного исследовательского сообщества к деятельности ВМО.
Научно-консультативную группу экспертов (НКГЭ), дающую рекомендации по стратегиям ВМО в сфере исследований и оптимальным научным направлениям деятельности для оказания поддержки эволюции мандата Организации в области метеорологии, климатологии, гидрологии и связанных с ними наук об окружающей среде и социальных наук.
Совместный совет по сотрудничеству между ВМО и МОК (ССС), межведомственный орган, учрежденный совместно с Межправительственной океанографической комиссией ЮНЕСКО в целях координации связанных с океаном вопросов, которые представляют общий интерес.
Межправительственную группу экспертов по изменению климата (МГЭИК), учрежденную в 1988 году под эгидой ВМО и ЮНЕП и являющуюся органом Организации Объединенных Наций, который проводит оценку состояния научных знаний в области изменения климата. МГЭИК проводит регулярную оценку научной основы изменения климата, его воздействия и будущих рисков, а также вариантов адаптации и смягчения последствий.
Финансовый консультативный комитет (ФИНАК), который направляет Конгрессу и Исполнительному совету рекомендации Членов ВМО по финансовым вопросам и по вопросам выполнимости, устойчивости и реализации бюджета, ориентированного на достижение конкретных результатов.