Mahasiswa Amikom Yogyakarta Pecinta Alam dibentuk pada hari Minggu Tanggal 4 Desember 1994 Pukul 10.00 WIB di puncak Hargo Dalem Gunung Lawu, diikuti 37 orang ditandai dengan penyematan slayer anggota MAYAPALA. Perubahan nama MAYAPALA STMIK Amikom Yogyakarta menjadi MAYAPALA Universitas Amikom Yogyakarta ditetapkan pada RATUM XXII di Kaliurang. Nama dari Organisasi Pecinta Alam Universitas Amikom Yogyakarta adalah MAYAPALA, kepanjangannya Mahasiswa Amikom Yogyakarta Pecinta Alam. Bentuk Organisasi MAYAPALA merupakan wadah pengembangan minat dan bakat dibidang kepecintaalaman dan kegiatan sosial.
UKM Teater "MANGGAR" (Mahasiswa Ngudi Gandha Aruming Rasa/Mahasiswa yang Belajar dan Mencari Keharuman Rasa) merupakan wadah bagi mahasiswa Universitas Amikom Yogyakarta untuk menumbuhkembangkan seni dan teknologi seiring pesatnya perkembangan zaman.
UKM AMO atau Amikom Music Organization merupakan Unit Kegiatan Mahasiswa minat bakat yang berfokus pada seni musik yang didirikan pada 4 November tahun 2004. AMO memiliki dua divisi yaitu Divisi Musik dan Divisi Event Organizer.
UKM Taekwondo AMIKOM adalah salah satu lembaga mahasiswa Universitas Amikom Yogyakarta di bidang olahraga bela diri. UKM Taekwondo AMIKOM didirikan pada tanggal 12 April 1998 di Yogyakarta oleh Zamma Rofiq Zakaria. UKM Taekwondo AMIKOM telah banyak mengikuti berbagai ajang kompetisi baik tingkat nasional maupun internasional hingga saat ini dengan hasil yang sangat memuaskan berkat kerjasama para anggota khususnya para atlet, pelatih, serta dukungan dari kampus. Untuk mengetahui prestasi-prestasi yang diraih oleh UKM Taekwondo AMIKOM dapat dilihat dari etalase kampus di Gedung Unit II. UKM Taekwondo AMIKOM terus melatih atlet-atletnya agar menjadi anggota baik kebanggaan kampus. Hal ini berdasarkan dengan visi dan misi UKM Taekwondo AMIKOM.
Shorinji Kempo adalah sebuah seni bela diri Jepang yang mencerminkan prinsip-prinsip filosofis serta nilai-nilai moral dalam setiap aspek latihannya. Didirikan pada tahun 1947 oleh Doshin So, seorang biksu Buddha dan praktisi seni bela diri, Shorinji Kempo menggabungkan teknik serangan dan pertahanan fisik dengan ajaran moral dan spiritual untuk mencapai tujuan transformasi diri yang lebih besar.
Shorinji Kempo dikenal dengan gerakan dinamis yang fokus pada pemanfaatan pusat tubuh (hara) untuk menghasilkan kekuatan maksimal dalam setiap gerakan. Ini mencakup serangan seperti pukulan, tendangan, kunci persendian, serta teknik jarak dekat dan jarak jauh. Latihan fisik ini dilengkapi dengan pelajaran tentang etika, pertimbangan etis, dan tanggung jawab sosial, yang menjadi landasan moral dari seni ini.
Pentingnya keseimbangan antara fisik dan spiritual menjadi pilar utama Shorinji Kempo. Para praktisi belajar untuk mengendalikan diri mereka sendiri, menghormati orang lain, dan membantu mereka dalam mengatasi rintangan. Prinsip-prinsip etika seperti keadilan, kejujuran, dan kasih sayang menjadi bagian tak terpisahkan dari latihan dan kehidupan sehari-hari.
Pencak silat merupakan suatu seni bela diri tradisional Indonesia ( keahlian dalam mempertahankan diri dengan keahlian menangkis, menyerang serta membela diri menggunakan atau tanpa senjata ) yang memperhatikan seni keindahan gerakan dalam setiap jurusnya. Tiap-tiap daerah di Indonesia mempunyai aliran pencak silat yang khas.