La Secretaria Autonòmica d'Agricultura, Aigua, Ramaderia i Pesca exerceix les funcions que se li atribueixen en l'article 68 de la Llei 5/1983, de 30 de desembre, del Consell, en matèria de foment i garantia agrària, política agrària comuna, desenvolupament rural, investigació i innovació agroalimentària, programes operatius, cadena agroalimentària, producció i comercialització agrària, indústria alimentària, cooperativisme agrari, ramaderia, silvicultura, pesca i aqüicultura, ordenació del sector pesquer i programes operatius en aquest àmbit, així com protecció, qualitat, innovació i tecnologia agroalimentària.