La Secretaria Autonòmica de Justícia i Autogovern exercix les funcions atribuïdes per l'article 68 de la Llei 5/1983, de 30 de desembre, del Consell, en matèria de justícia i mediació, consultes populars, col·legis professionals, unions de fet, fundacions, associacions, registres i notariat, assistència jurídica gratuïta, assistència a les víctimes del delicte, ajudes a las víctimes del terrorisme, concòrdia i foment de l'autogovern.