本repo目的在于整理常用的（且免费）质谱数据分析处理流程，提供简单的操作指南和小工具。
| 软件 | 支持平台 | 链接 |
|---|---|---|
| MaxQuant | Windows/Linux | https://www.maxquant.org/ |
| pFind | Windows | http://pfind.ict.ac.cn/ |
| MSFragger | java (跨平台) | https://msfragger.nesvilab.org/ |
| MS-GF+ | java (跨平台) | https://github.com/MSGFPlus/msgfplus |
| ProLuCID | java (跨平台) | http://fields.scripps.edu/yates/wp/?page_id=17 |
| Commet | c++ (win/linux) | http://comet-ms.sourceforge.net/ |
| 软件 | 支持平台 | 链接 |
|---|---|---|
| MaxQuant | Windows/Linux | https://www.maxquant.org/ |
| pFind | Windows | http://pfind.ict.ac.cn/ |
| Ionquant | Java (跨平台) | https://ionquant.nesvilab.org/ |
| CIMAGE | R (Linux) | https://github.com/wangchulab/CIMAGE2 |
| skyline | Windows | https://skyline.ms/ |
| 软件 | 支持平台 | 链接 |
|---|---|---|
| Perseus | Windows | https://maxquant.net/perseus |
| mMass | Win/Mac/Linux | http://www.mmass.org/ |
| MZmine 2 | Java(跨平台) | http://mzmine.github.io/ |
| 软件 | 修饰质量添加 | |
|---|---|---|
| ProLuCID | 可变减固定 | |
| pFind | 可变固定独立 | |
| MaxQuant | 可变固定独立 | |
| MSFragger | 可变减固定 |
| 修饰名称 | 元素组成 | 理论质量 |
|---|---|---|