CC= gcc

CXX= g++

CFLAGS= -g -Wall -O2 -m64 #-arch ppc

CXXFLAGS= $(CFLAGS)

DFLAGS= -D_IOLIB=2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 #-D_NO_RAZF #-D_NO_CURSES

OBJS= bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \

razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \

bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o

PROG= razip bgzip samtools

INCLUDES=

LIBS= -lm -lz

SUBDIRS= . misc

.SUFFIXES:.c .o

.c.o:

$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@

all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:

@target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \

wdir=`pwd`; \

list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \

cd $$subdir; \

$(MAKE) CC="$(CC)" CXX="$(CXX)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \

INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBS="$(LIBS)" $$target || exit 1; \

cd $$wdir; \

done;

all:$(PROG)

lib:libbam.a

libbam.a:$(OBJS)

$(AR) -cru $@ $(OBJS)

samtools:lib bamtk.o

$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o $(LIBS) -L. -lbam -lcurses

razip:razip.o razf.o

$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(LIBS)

bgzip:bgzip.o bgzf.o

$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(LIBS)

razip.o:razf.h

bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h

bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h

bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h

bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h

bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h

bam_lpileup.o:bam.h ksort.h

bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h

bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h

bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h

razf.o:razf.h

glf.o:glf.h

faidx.o:faidx.h razf.h khash.h

faidx_main.o:faidx.h razf.h

cleanlocal:

rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a

clean:cleanlocal-recur