Logic Pro - command z を２回押さないと undo されない

そんな設定があるとは思えませんが，

ここの表示はどうなってますか？

あるいはLogicだけそうなってしまったのでしょうか。他のアプリケーションではどうですか？

新規でプロジェクトを立ち上げたらこの症状は出ませんでした。

今でもそのプロジェクトを再立ち上げすると症状は再現するのでしょうか。

再現するならそのプロジェクトに何かあると考えていいと思いますが…。

特定のサードパーティーのプラグインとの相性のバグですかね？

それはあなたがお使いのプラグインを一つずつ外していって検証していくしかないでしょう。