Hello,

What is the meaning of lines that have only 4 GT values in an 8 ploidy VCF file?

for example: 1/1/1/1:8:0,8:0:0:8:262 1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:105 instead of 1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:72

this is the command I used to create each one of the VCF files:

freebayes -f $REF -p 8 $SORTED_BAM > $OUTPUT

this is the command I used to create the merged VCF file:

bcftools merge $M1 $M3 $M5 $M7 $M9 $F1 $F2 $F4 $F6 $F8 -o $output_file

this is my file:

#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  m1.sorted.bam   M3.sorted.bam   M5.sorted.bam   M7.sorted.bam   M9.sorted.bam   F1.sorted.bam   F2.sorted.bam   F4.sorted.bam   F6.sorted.bam   F8.sorted.bam
CACTIG010000001.1   46153   .   T   A   166.925 .   DPB=8;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.9204;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=45;AB=0;ABP=0;AF=1;AO=10;CIGAR=1X;DPRA=0;EPP=16.9077;LEN=1;MEANALT=1;MQM=23.4;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=363;RPL=3;RPP=6.48466;RPR=7;RUN=1;SAF=8;SAP=10.8276;SAR=2;TYPE=snp;AN=60;AC=60    GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA    1/1/1/1:8:0,8:0:0:8:262 1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:105 1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:102 1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:108 1/1/1/1:4:0,4:0:0:4:135 1/1/1/1/1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:161 1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:74  1/1/1/1/1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:184 1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:72  1/1/1/1/1/1/1/1:10:0,10:0:0:10:363
CACTIG010000001.1   48045   .   T   G   110.751 .   DPB=8;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.9204;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=69;AB=0;ABP=0;AF=1;AO=10;CIGAR=1X;DPRA=0;EPP=10.8276;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7.9;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=353;RPL=6;RPP=3.87889;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;TYPE=snp;AN=60;AC=60 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA    1/1/1/1:8:0,8:0:0:8:293 1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:185 1/1/1/1:9:0,9:0:0:9:318 1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:180 1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:184 1/1/1/1/1/1/1/1:7:0,7:0:0:7:248 1/1/1/1/1/1/1/1:7:0,7:0:0:7:260 1/1/1/1/1/1/1/1:4:0,4:0:0:4:147 1/1/1/1/1/1/1/1:9:0,9:0:0:9:330 1/1/1/1/1/1/1/1:10:0,10:0:0:10:353