Die Zielsetzung des zweiten Gesamtberichts und damit entsprechend der zu Grunde liegenden nationalen Berichte besteht in der erstmaligen Bewertung der Erhaltungszustände von Lebensraumtypen sowie Tier- und Pflanzenarten der FFH-Richtlinie. Die Mitgliedstaaten sind angehalten, ein besonderes Augenmerk auf die jeweils bestmögliche Bestandsaufnahme und Bewertung der Situation (best available information) zu richten, so wie sie sich im Jahre 2006, d. h. für den Berichtszeitraum 2001 - 2006, darstellt.

Zunächst haben die Bundesländer die Bewertung der Erhaltungszustände der Lebensraumtypen und Arten für ihren Raum vorgenommen. Auf dieser Grundlage wurde dann der Entwurf eines Nationalen Berichts nach Art. 17 FFH-Richtlinie vom Bundesamt für Naturschutz erarbeitet und mit den Bundesländern und dem BMU auf gemeinsamen Bewertungskonferenzen abgestimmt. Diese fanden vom 27. - 31. August für die kontinentale Region, vom 18. - 21. September 2007 für die atlantische Region und vom 24. - 25. Oktober 2007 für die alpine Region in Bonn statt.

Am 07.12.2007 wurden die Ergebnisse des zweiten Nationalen Berichts von Deutschland an die EU-Kommission übermittelt. Im April 2008 wurde der Bericht nochmals mit einigen Ergänzungen und Korrekturen abgegeben. 

Teile des Nationalen Berichts mit Bewertungsergebnissen und Verbreitungskarten der Lebensraumtypen und Arten nach FFH-Richtlinie sind nachfolgend, z. T. nach biogeografischen Regionen getrennt, aufgeführt.

Durch die Europäische Kommission wurden Inhalte und Umfang der zu liefernden Daten der nationalen Berichte nach Art. 17 FFH-Richtlinie vorgegeben. Das Formular für die Berichtspflicht wurde unter Beteiligung der Mitgliedstaaten erarbeitet und auf der Habitatausschusssitzung am 20. April 2005 angenommen und ist damit für den Bericht 2007 verbindlich. In den Anhängen zum Dokument sind die für den Bericht notwendigen Daten konkretisiert. Für die Umsetzung der Vorgaben in Deutschland erfolgten enge Abstimmungen zwischen dem Bund und den Ländern.

Zur Unterstützung der Mitgliedstaaten bei der Erstellung der nationalen Berichte hat die EU-Kommission zusätzlich das Guidance-Dokument "Assessment, Monitoring and Reporting under Article 17 of the Habitats Directive: Explanatory Notes & Guidelines" (Final Draft, Oktober 2006) veröffentlicht. Das Dokument war zuvor vom Habitatausschuss verabschiedet worden. Es ist nur in englischer Sprache verfügbar und enthält das Berichtsformular und Beispiele der Mitgliedstaaten zur Ermittlung des Verbreitungsgebiet sowie des Erhaltungszustandes. 

Der Erhaltungszustand der Arten und Lebensraumtypen wird von den Mitgliedstaaten für jede biogeografische Region getrennt bewertet. Die biogeografischen Regionen sind als Bezugsräume erforderlich, um in angemessener Weise das europäische Gesamtareal mit seinen naturräumlichen Unterschieden zu berücksichtigen. So wird der Erhaltungszustand z. B. für einen Lebensraumtyp, der über die Fläche Deutschlands verbreitet vorkommt, jeweils für die alpine, atlantische und kontinentale Region getrennt bewertet. 

Die Bewertung des Erhaltungszustands erfolgt bei den Arten anhand der vier Parameter Aktuelles Verbreitungsgebiet, Population, Habitat der Art und Zukunftsaussichten. Bei den Lebensraumtypen (LRT) sind es die Parameter Aktuelles Verbreitungsgebiet, Aktuelle Fläche, Spezifische Strukturen und Funktionen und Zukunftsaussichten. Jeder Parameter wird art- bzw. LRT-bezogen anhand festgelegter Kriterien mit Hilfe von Grenz- bzw. Schwellenwerten bewertet und den drei Bewertungsstufen günstig [grün], ungünstig-unzureichend [gelb] und ungünstig-schlecht [rot] zugeordnet (sog. Ampelschema). Ermöglicht die Datenlage keine exakte Bewertung der Parameter, so werden diese als unbekannt [grau] eingestuft. Die Gesamtbewertung des Erhaltungszustandes, also die Zusammenfassung der vier gleichberechtigten Parameter, erfolgt wie folgt: Der Gesamtwert ist mit rot bzw. gelb zu bewerten, sobald einer der vier Parameter mit rot bzw. gelb bewertet wurde. Um die Wertstufe grün für den Gesamtwert zu erhalten müssen mindestens drei der vier Parameter mit grün bewertet werden. Sofern mindestens zwei Parameter mit unbekannt bewertet wurden, aber kein Parameter mit rot oder gelb, ist auch der Gesamtwert mit unbekannt einzustufen.