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Can not find contig ptg000001l in the gfa file(s). Maybe the gfa file(s) does not match the fasta file #97

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@zhulicui

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曾老师您好,
我在使用您开发的haphic过程中遇到了一些问题,希望您能提供一些帮助。
我使用了haphic建议的bwa处理方法以及过滤条件得到了hic.bam以及hifiasm的hic加hifi数据模式组装得到的asm.hic.p_ctg.fa,在使用
”haphic pipeline asm.hic.p_ctg.fasta HIC.filtered.sort.bam 30 --gfa ‘asm.hic.hap1.p_ctg.gfa,asm.hic.hap2.p_ctg.gfa’ --correct_nrounds 2 --remove_allelic_links 2”命令时一直出现报错,提示“Can not find contig ptg000001l in the gfa file(s). Maybe the gfa file(s) does not match the fasta file.
”,但是我在尝试将hifiasm直接生成的hap*.p_ctg.gfa文件中的contig名称修改为与asm.hic.p_ctg.fa相同后运行该命令行还是出现了这样的错误信息,
我不是很清楚具体是哪里出现了问题。
Snipaste_2025-01-03_16-54-51

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